סדרי הכניסה והעבודה במקדש העתידי משקפים את ההבדלים הרוחניים והמעשיים בין ימי החול למועדים, ומעניקים משמעות מיוחדת לזמני ההתגלות האלוהית.
הפרשנים נחלקו בזיהוי המדויק של שַׁעַר הֶחָצֵר הַפְּנִימִית הַפּוֹנֶה קָדִים. גישה אחת סבורה כי מדובר בשער הפונה לעזרת ישראל [מצודת דוד, מלבי"ם], בעוד גישה אחרת ממקדת זאת בשער של עזרת הכהנים, שבה ניצב המזבח, הפתוח לכיוון עזרת ישראל [רד"ק, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ].
לגבי ההוראה כי השער יִהְיֶה סָגוּר שֵׁשֶׁת יְמֵי הַמַּעֲשֶׂה, מוסבר כי יְמֵי הַמַּעֲשֶׂה הם ימי החול הרגילים שבהם מותרת עשיית מלאכה [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. הסיבה המרכזית לסגירת השער היא מעשית: בימי החול, העם והנשיא אינם רגילים להגיע בהמוניהם לבית המקדש [מצודת דוד, רד"ק, אברבנאל]. עם זאת, מובא גם טעם רוחני עמוק: השער המזרחי מכוון אל עבר המערב, מקום משכנה של השכינה. בימי החול, אסור ואין ביכולתו של האדם להביט בזיו השכינה, ולכן השער נותר סגור [אהבת יהונתן]. בניגוד לשער המזרחי החיצוני או לשער ההיכל שיישארו סגורים לעולם, שער זה ייסגר אך ורק בימי החול [מלבי"ם, אברבנאל].
התמונה משתנה לחלוטין בימי הקודש: וּבְיוֹם הַשַּׁבָּת יִפָּתֵחַ וּבְיוֹם הַחֹדֶשׁ יִפָּתֵחַ. המונח הַחֹדֶשׁ מכוון ליום הראשון של החודש, הלוא הוא ראש חודש [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. בימים אלו, השער נפתח כדי לאפשר להמוני העם ולנשיא להיכנס, להתאסף בחבורות ולהשתחוות מול פתח ההיכל וקודש הקודשים [מצודת דוד, אברבנאל]. מתוך הנגדת ימי החול לראש חודש, עולה כי גם בראש חודש נהגו לשבות ממלאכה, מנהג שהשתמר בעיקר בקרב נשים [חומת אנך].
לפתיחת השער בימים אלו ישנן גם משמעויות נסתרות. בשבת ובראש חודש זוכה האדם ל"נשמה יתירה" ומתעלה למדרגה רוחנית גבוהה המאפשרת לו לקבל את פני השכינה. יתרה מכך, פתיחת השער מהווה מעין חזרה לגן עדן, שכן בימים קדושים אלו אפילו נשמות הרשעים זוכות למנוחה ויכולות להיכנס [אהבת יהונתן].
תפקיד נוסף ומרתק לפתיחת השער קשור לזיהוי הזמן. לעתיד לבוא, אור הלבנה יהיה כאור החמה, ואור החמה יאיר בעוצמה אדירה ללא הפסקה של לילה. במציאות כזו, בני האדם עלולים לאבד את תחושת הזמן ולא לדעת מתי חלים שבת או ראש חודש. פתיחת השער תשמש אפוא כאות אלוהי המכריז על כניסת הימים הקדושים [אהבת יהונתן]. סדר זמנים זה של פתיחה וסגירה אינו מוכר מימי קדם, והוא בבחינת הלכה מחודשת המיוחדת לבית המקדש העתידי [רד"ק].