התמרה פלאית של הטבע מתרחשת כאשר המים הקדושים היוצאים מן המקדש מגיעים אל מקורות מים שאינם ראויים לחיים. כוחם המחייה של מי המקדש מרפא את הסביבה הרעילה, והופך ימים שוממים ומוות לסביבה שוקקת חיים ופורייה.
הפרשנים מסכימים כי הפסוק מתאר נס של המתקת מים מלוחים. המילה נַחֲלַיִם מלמדת כי הנחל היוצא מן המקדש מתפצל לכמה נחלים שונים [רש"י, ביאור שטיינזלץ]. בטבע, קיימים ימים שמימיהם כה מלוחים ומרים עד שדגים אינם מסוגלים לחיות בהם כלל, דוגמת ים המלח, אליו דגים המגיעים מן הירדן מתים מיד [רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. בעבר, שום השרצה של דגים לא הייתה יכולה לשרוד את מליחות המים הללו [מצודת דוד]. אולם, כִּי בָאוּ שָׁמָּה הַמַּיִם הָאֵלֶּה וְיֵרָפְאוּ – ברגע שמי המקדש נכנסים אל הימים הללו, הם מרפאים את המים ממליחותם וממתיקים אותם.
בעקבות ריפוי המים, כל נֶפֶשׁ חַיָּה אֲשֶׁר יִשְׁרֹץ – כלומר, יצורים חיים שיש בהם חיות, הנעים, פרים ורבים [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ] – יצליחו להתקיים. מבחינה דקדוקית, המילה "נפש" מופיעה כאן בלשון זכר, ולכן נאמר עליה "ישרץ" ו"יחיה" [רד"ק]. התוצאה של תהליך זה היא שוְהָיָה הַדָּגָה רַבָּה מְאֹד; כלל הדגים לא רק ישרדו במים המתוקים, אלא יתרבו מאוד בכל מקום שאליו יגיע הנחל.
לצד הפירוש המעשי, יש הרואים בפסוק משל לתהליך רוחני עמוק. המים מסמלים את מי הדעת, התורה והאמונה. כשם שהמים הפיזיים מרפאים את הימים הממיתים, כך מי הדעת מרפאים את חוליי הנפש הנובעים מאמונות זרות. בני האדם שישתו ממים אלו יזכו לחיים רוחניים שלמים, ומספר המאמינים באמת ילך ויגדל. ככל שירבו האנשים לקבל את האמונה, כך יוסיף ה' להשפיע עליהם שפע של שכל ודעת, והם ישאבו השגות ולימודים חדשים ממעיינות הישועה [מלבי"ם].