חזון הנחל היוצא מהמקדש מציג מים פלאיים המרפאים וממתיקים את מימי הים המלוחים, אך מחריג אזורים מסוימים שיישארו במליחותם הטבעית לתועלת האדם.
הפרשנים מסכימים כי המילים בִּצֹּאתָו וּגְבָאָיו מתייחסות למקווי המים הסמוכים לים. בִּצֹּאתָו הן הביצות ואזורי הטיט הלח [רש"י, מלבי"ם, מצודות]. מבחינה לשונית, המילה נכתבת בכתיב חסר אך נקראת ברבים [רד"ק, מנחת שי]. וּגְבָאָיו הם בורות, שקעים וחפירות טבעיות או מלאכותיות שבהם נקווים המים [רש"י, מצודת ציון, רד"ק, שטיינזלץ].
אזורים אלו וְלֹא יֵרָפְאוּ, כלומר מימיהם לא יומתקו אלא יישארו מלוחים [רש"י, שטיינזלץ]. מבחינה דקדוקית, יש הסבורים כי האות וי"ו במילה זו מיותרת [רש"י], ואחרים רואים באות אל"ף כאות טפלה [מצודת ציון]. הסיבה לכך שמי הביצות והבורות לא יירפאו היא טבעית, שכן מי הנחל המתוקים פשוט לא יגיעו אליהם [מלבי"ם].
ההישארות של אזורים אלו במצבם המלוח אינה קללה אלא צורך מעשי, שכן לְמֶלַח נִתָּנוּ. המים באזורים אלו נועדו להמשיך ולשמש להפקת מלח, כפי שהיה נהוג תמיד, כדי להטעים תבשילים ולשמר מוצרים שונים [מצודת דוד, רד"ק, שטיינזלץ]. לפי התרגום, מקומות אלו יהפכו למחפורות מלח של ממש [רד"ק].
לצד הפירוש הפיזי, יש המעניקים לפסוק משמעות אלגורית. המקומות הלחים והמנותקים שלא יירפאו מסמלים אנשים פראיים וחסרי דעת, המנותקים מנחל החכמה והמדע. כשם שהביצות המבודדות מתייבשות ונותר בהן רק מלח, כך גם אותם אנשים לא יחזיקו מעמד לאורך זמן, יכלו כעשן ויהפכו לנציב מלח [מלבי"ם].