לאחר החטא, פונה ה' אל האדם בחקירה נוקבת שנועדה לעמת אותו עם מעשיו. אין מדובר בשאלות של חוסר ידיעה, שהרי הכל גלוי לפניו, אלא במהלך שנועד ללחוץ על הנאשם להודות באשמתו [קאסוטו], או לחלופין, להעניק לו הזדמנות עדינה להתוודות ולחזור בתשובה מבלי לביישו באופן ישיר [אור החיים, ביאורי חסידות].
כאשר ה' שואל מִי הִגִּיד לְךָ כִּי עֵירֹם אָתָּה, הוא מצביע על השינוי החד בתודעתו של האדם. הרי האדם היה ערום גם קודם לכן ולא התבייש. רוב הפרשנים מסכימים כי השאלה אינה מתייחסת לעירום הפיזי גרידא, עובדה שגם עיוור או בעל חיים יכולים להבחין בה, אלא להבנה המוסרית החדשה של מושג הבושה ודרכי הצניעות, שנכנסה באדם רק בעקבות יצר הרע שדבק בו. מעצם טענתו של האדם שהוא "ערום", משתמע שהוא מזהה בעצמו פגם ומרגיש שהוא ראוי וזקוק ללבוש [בכור שור, ספורנו], ועל כך תמה ה': האם הבריאה כפי שנבראה הייתה חסרה? [אדרת אליהו]. הקב"ה למעשה תופס את האדם בלשונו, שכן מעצם התשובה המגננת שבה האדם עונה יותר ממה שנשאל, מתגלה החטא [שפתי חכמים].
השאלה ההמשכית, הֲמִן הָעֵץ, מנוסחת בה"א התמיהה או כשאלה רטורית שנועדה לבחון את המענה [רשב"ם, רד"ק, רש"י, ביאור שטיינזלץ]. העובדה שהאדם אינו משיב בפשטות "כן", אלא מיד מטיל את האשמה על האישה, מוכיחה את המבוכה וההתגוננות שלו לנוכח התמיהה האלוהית [מזרחי].
בולטת העובדה שהפסוק משמיט את שמו המלא של העץ ואינו קורא לו "עץ הדעת". הסיבה לכך היא שאין בעץ עצמו כל טבע רע, טומאה או כוח פנימי להחטיא; חומרת המעשה נובעת אך ורק מעצם הפרת הציווי האלוהי [העמק דבר]. בשעת המשפט, שמו של העץ אינו חשוב, אלא רק עצם האיסור שתלוי בו [קאסוטו]. יתרה מכך, יש הסבורים כי העץ כלל לא נקרא "עץ הדעת" לפני החטא, אלא קיבל שם זה רק לאחר שהאדם אכל ממנו ו"ידע" את סבלות העולם – העמל, הקור והחום. הציווי המקורי נועד רק כדי שהאדם יראה את העץ, יזכור את בוראו ויקבל עליו עול מלכות שמים [רא"ש].
בביאור המילים לְבִלְתִּי אֲכָל מִמֶּנּוּ, האות למ"ד במילה לְבִלְתִּי משמעותה שלילה ("שלא"), והמילה אֲכָל אינה פועל רגיל אלא שם הפועל (בדומה למילה "לשמור"), המנוקדת בקמץ קטן (חטף פתח) משום שהיא במצב של סמיכות [אבן עזרא, מנחת שי, ביאור יש"ר]. על משמעות האיסור מוסיפים כי בשפה העברית אין מונח נפרד ל"איסור", אלא גם לאווים מוגדרים כ"מצוות". מכאן נלמד שהימנעות מחטא אינה פעולה פסיבית של חוסר מעש, אלא דורשת אנרגיה חיובית ועוצמתית של כיבוש היצר, לעיתים אף יותר מעשיית מעשה טוב אקטיבי [רש"ר הירש].