המים מתחילים לרדת על הארץ, ומסמנים את המעבר מאזהרה לביצוע גזר הדין. ירידת המים מתוארת לא רק כתופעת טבע, אלא כאירוע מחושב ומדויק המשלב דין ורחמים, ונושא משמעות עמוקה בכל הנוגע לאופן שבו ה' מנהיג את עולמו.
הגשם החל לרדת בדיוק כפי שהבטיח ה' מראש, ונמשך ברציפות וללא הפוגה [רד"ק, קאסוטו, ביאור שטיינזלץ]. עם זאת, תחילת ירידת המים לא הייתה טבעית, אלא החלה מיד בעוצמה רבה כל כך, עד שנח ומשפחתו נאלצו להיכנס לתיבה באותו היום משום שלא יכלו לעמוד בחוץ [מלבי"ם]. אופן ההשמדה עצמו לא נגרם רק מטביעה במי התהום, אלא דווקא מן הַגֶּשֶׁם – הטיפות הכבדות שהכו בגופות ללא הרף הן שגרמו לבשר להימחות ולהתמוסס [העמק דבר].
הפרשנים עומדים על כך שהכתוב משתמש כאן במילה הַגֶּשֶׁם, בעוד שבפסוקים מאוחרים יותר התופעה מכונה "מבול". שינוי לשוני זה מצביע על כך שבתחילה הוריד ה' את המים ברחמים. המטרה הייתה שאם בני דור המבול יחזרו בתשובה, המים יהפכו לגשמי ברכה שירוו ויצמיחו את הארץ, ורק משלא חזרו בתשובה הפך הגשם למבול משחית [רש"י, מזרחי]. אף על פי שה' ידע מראש שהם לא ישובו מדרכם הרעה, הוא הוריד את המים בתחילה בנחת כדי "להשקיט" את מידת הרחמים שניסתה ללמד עליהם זכות; רק כאשר מידת הרחמים ראתה שהם עומדים במריים, היא חדלה מלהגן עליהם [חזקוני]. מבחינה פיזית, הגשם ירד בתחילה כמים רגילים ולא כמים רותחים, כדי לא להשחית את הזרעים והפירות שנועדו להצמיח מחדש את העולם, ורק לבסוף הפכו המים לרותחים והרסניים [משכיל לדוד].
התורה מדגישה כי הגשם ירד אַרְבָּעִים יוֹם וְאַרְבָּעִים לָיְלָה. ציון הלילות נועד להבהיר שמדובר ביממות שלמות ומלאות [משכיל לדוד]. פירוט התאריכים והזמנים המדויקים בפרשת המבול אינו מקרי, אלא בא ללמד שלתאריכים מסוימים יש משמעות רוחנית לדורות, כימי זכות או כימי חובה [ברכת אשר על התורה].
סביב חישוב ארבעים הימים קיימת מחלוקת בין הפרשנים לגבי מועד סיומם. הגישה המרכזית, המובאת על ידי רש"י ונסמכת על שיטת רבי אליעזר (שעל פיה קבעו חכמים את מניין שנות המבול), סוברת כי היום הראשון אינו נספר במניין ארבעים הימים. זאת משום שהגשם החל לרדת בעיצומו של יום, כך שהלילה שלפניו לא היה חלק מהמבול, והיממה לא הייתה שלמה. לפיכך, ארבעים הימים המלאים הסתיימו בבוקר של כ"ח בכסלו [רש"י, גור אריה, מזרחי, לבוש האורה]. מנגד, יש החולקים וסוברים כי היום הראשון כן נכלל בחשבון, שכן הגשם החל לרדת כבר בלילה שלפניו. לפי חישוב זה, מדובר ביממה שלמה, ולכן ארבעים הימים הסתיימו יום קודם לכן, בכ"ז בכסלו [דעת זקנים].