בתום תקופת הגשמים העזים, העולם נותר במצב המזכיר את תוהו ובוהו של תחילת הבריאה. פני כדור הארץ כוסו לחלוטין במים אדירים שמחו כל זכר לחיים, ורק נקודה קטנה אחת נותרה לצוף על פני המרחבים האינסופיים – התיבה, שאצרה בתוכה את גרעיני החיים של העתיד.
המילה וַיִּגְבְּרוּ נגזרת משורש המבטא ניצחון ושליטה, וקרובה גם למשמעות של גובה. פועל זה אינו מתאר בהכרח את שיא התעצמותם של המים, אלא מציין את המשכיות המצב שבו יסוד המים ניצח את יסוד העפר וכיסה אותו לחלוטין [מלבי"ם, מחוקקי יהודה, קאסוטו].
באשר לחישוב הזמן של חֲמִשִּׁים וּמְאַת יוֹם, קיימת מחלוקת יסודית. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמספר זה כולל בתוכו את ארבעים ימי הגשם הראשונים. לפי חשבון זה, מדובר בחמישה חודשים שלמים, החל מתחילת ירידת המבול בשבעה עשר בחודש השני, ועד לנוחת התיבה בשבעה עשר בחודש השביעי [ספורנו, רב סעדיה גאון, שד"ל, חזקוני, בכור שור, קאסוטו, ביאור יש"ר]. מנגד, יש הסבורים כי מאה וחמישים הימים החלו רק לאחר שהסתיימו ארבעים ימי הגשם [רד"ק].
הפרשנים מסכימים כי למרות שהכתוב מתאר גבורה ממושכת של המים, בפועל הם התחילו לחסור מיד עם תום ארבעים ימי הגשם. אולם, חיסרון זה היה איטי והדרגתי. מכיוון שראשי ההרים היו עדיין מכוסים והתיבה המשיכה לשוט מבלי למצוא מנוח, הירידה במפלס המים לא הייתה ניכרת כלל לעין. הכתוב מתאר אפוא את המציאות מנקודת מבטם של שוכני התיבה, שעבורם המים נראו בשיא תגבורתם לאורך כל התקופה [מלבי"ם, בכור שור, חזקוני, ביאור יש"ר]. בנוסף, יש המציינים כי גם לאחר תום ארבעים הימים, הגשם לא פסק לחלוטין אלא ירד לסירוגין, ומעיינות התהום המשיכו לנבוע מלמטה ולדחוף את התיבה [אבן עזרא, ספורנו, שטיינזלץ].
שהות ממושכת זו בתיבה מציפה את השאלה כיצד יכלו יושביה למדוד את הזמן, שהרי השמיים היו מכוסים בעננים, הכל התערבב, ולא ניתן היה להבחין בין יום ללילה או להיעזר בגרמי השמיים [שטיינזלץ]. על כך מוסבר כי נח היה בקיא בחכמת התכונה, והכין מראש כלים מיוחדים למדידת שעות. הוא אף הציב בתיבה נרות שדלקו ברציפות יומם ולילה, לאורם יכול היה לטפל בבעלי החיים, וכך הצליח לעקוב אחר חלוף הזמן [רד"ק]. דעה נוספת גורסת כי נח עצמו לא ידע את התאריכים והמספרים המדויקים, אלא מידע זה נמסר מאוחר יותר למשה רבנו ישירות מאת ה׳ [רד"ק, רב סעדיה גאון].