לאחר תיאור מותם של כל היצורים החיים בפסוקים הקודמים, מגיע שלב ההשמדה המוחלטת. אין מדובר רק במוות גופני, אלא במחיקה טוטאלית של כל זכר לקיום החיים שמחוץ לתיבה. קביעה מוחלטת זו, לפיה לא נותר שום שריד משום אומה או תרבות קדומה, מעידה על מקורו האלוהי של הסיפור, שכן שום כותב אנושי לא היה מסתכן בטענה גורפת שכזו העלולה להיות מופרכת באמצעות תגליות היסטוריות [אם למקרא].
הפרשנים עומדים על ההבדל בין הפועל "ויגוע" האמור קודם לכן, לבין המילה וַיִּמַח. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שלאחר שהיצורים מתו, מי המבול הרותחים המסו ופוררו את הגופות עצמן עד שהפכו למים, כך שלא נותר מהם שום רושם או מבנה שיזכיר את קיומם לאורך הדורות. הכפילות בפסוק, וַיִּמַח ולאחר מכן וַיִּמָּחוּ, באה להדגיש את אובדן הזיכרון וההשמדה המוחלטת, ויש שדורשים כי הם נמחו בעולם הזה ונמחו גם מחלקם לעולם הבא [רמב"ן, רד"ק, אור החיים].
מבחינה לשונית, המילה וַיִּמַח היא פועל יוצא ופעיל (מבניין קל) המתאר את פעולתו הישירה של ה', ואילו המילה וַיִּמָּחוּ היא פועל סביל (מבניין נפעל). שילוב עוקב זה של פועל פעיל ולאחריו פועל סביל מאותו השורש הוא סגנון מקראי מסורתי שנועד להעצים את תיאור הפעולה [רש"י, קאסוטו].
המילה הַיְקוּם מתפרשת על ידי רוב המפרשים ככלל בעלי החיים, ולא כעשבים או צמחים [ספורנו]. עם זאת, יש המפרשים את המילה על בסיס השפה היוונית כמתארת את מקום היישוב עצמו, שכן אפילו שכבת האדמה העליונה שעליה דרכו נמחתה ונשטפה במים [הכתב והקבלה].
הסדר שבו מתאר הפסוק את ההשמדה, מֵאָדָם עַד־בְּהֵמָה, הפוך מסדר יצירתם בבריאת העולם. הפרשנים מסבירים זאת בשני אופנים: מבחינה פיזית, גוף האדם הוא עדין וחלש יותר מגוף הבהמות, ולכן נימוח ראשון במים הרותחים [מלבי"ם, אור החיים]. מבחינה מוסרית, האדם הוא שהתחיל בחטא והוא שהחטיא את הבהמות ששינו את דרכן בגללו, ולכן הפורענות מתחילה במי שיזם את הקלקול [תורה תמימה].
למרות ההשמדה המוחלטת שמתאר הפסוק מעל פני האדמה, נותרו בעומק האדמה עצמות שלדי ענק ויצורים קדומים. פרשנים מסבירים כי שטף המים והרעשים הגיאולוגיים העזים פתחו את פי האדמה וקברו את העצמות החזקות עמוק בתוך התהום. מציאת עצמות אלו בימינו גורמת לחוקרים לטעות בחישוב גיל העולם, מבלי להבין שהן שרידים ממהפכת המבול שנקברו במצולות [מלבי"ם, העמק דבר].
הפסוק אינו מזכיר את דגי הים בין היצורים שנמחו, ומכאן מסיקים הפרשנים שהדגים ניצלו ולא נכללו בגזירת ההשמדה. אף שמי המבול היו רותחים, ייתכן שרק השכבה העליונה של הים התחממה והדגים צללו למעמקים, או שהם נמלטו לאוקיינוסים הרחוקים שבהם לא ירד גשם המבול [רמב"ן, פרדס יוסף].
ההשמדה הפיזית לוותה גם בהשמדה רוחנית. כאשר נמחו היצורים מן הארץ, פסקה גם השפעתם של הכוחות הרוחניים ושרי המעלה הממונים עליהם בשמיים, כך שכל זרימת השפע בעולם נעצרה [רבנו בחיי, צרור המור]. כמו כן, הפסוק מהווה הוכחה ניצחת כנגד דעות שטענו כי המבול היה מקומי ולא פגע באזורים מסוימים, שכן הכתוב מעיד במפורש על מחיקה טוטאלית מכל הארץ [אבן עזרא].
בסופו של דבר, וַיִּשָּׁאֶר אַךְ־נֹחַ וַֽאֲשֶׁ֥ר אִתּ֖וֹ בַּתֵּבָֽה. המילה אַךְ משמשת בתורה כלשון מיעוט, ומלמדת שאפילו נח לא נותר בשלמותו. הפרשנים מסבירים כי נח יצא מן התיבה כשהוא חלש, משתעל ורוקק דם מרוב הטורח הקשה והקור שבטיפול בחיות, או שנפצע והוכש על ידי אריה שאיחר להגיש לו את מזונו [רש"י, ריב"א, גור אריה]. כך, מכל העולם כולו, נותר רק שריד קלוש ופגוע שממנו תצמח האנושות מחדש.