רגע הכניסה אל התיבה מהווה את קו התפר שבין העולם הישן שעומד להיחרב, לבין המפלט היחיד שנותר לאנושות. הכתוב מתאר את התכנסות המשפחה אל תוך התיבה, תוך שהוא חושף את הלך הרוח של הניצולים ואת המניעים שהובילו אותם פנימה.
תיאור כניסתם, וַיָּבֹא נֹחַ וּבָנָיו וְאִשְׁתּוֹ וּנְשֵׁי בָנָיו, מפריד בין הגברים לנשים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים [רש"י, דעת זקנים, גור אריה, מלבי"ם] היא כי הפרדה זו באה ללמד שנאסר עליהם לקיים יחסי אישות במהלך שהותם בתיבה. הסיבה לכך היא שהעולם היה שרוי בצער עמוק; בשעה שה' מחריב את עולמו באסון כבד, אין זה מן הראוי שהאדם יעסוק בבנייה והולדה. איסור זה עמד בעינו והם נהגו באבלות, למרות שהם היו היחידים שנותרו כדי לקיים את מצוות פרייה ורבייה [פרדס יוסף, ברכת אשר]. מנגד, יש הסבורים [מזרחי] כי הפרדה מילולית זו היא פשוט דרך הסיפור המקראית הרגילה, ואין ללמוד ממנה על איסור אישות בפסוק זה, אלא מפסוקי הציווי הקודמים.
חלקו השני של הפסוק, מִפְּנֵי מֵי הַמַּבּוּל, חושף את המניע המיידי לכניסה לתיבה ויוצר מחלוקת עמוקה בין הפרשנים. על פי הפשט [אבן עזרא, רד"ק, ביאור יש"ר, קאסוטו], משמעות הביטוי היא פחד ממי המבול. נח ומשפחתו נכנסו לתיבה ברגע האחרון ממש, מתוך יראה טבעית מפני הגשמים שהחלו לרדת. הכתוב מציין זאת כעובדה, ללא כל כוונה לגרוע מצדקותו של נח, שעשה ככל אשר ציווהו ה'.
לעומת זאת, פרשנים רבים [רש"י, חזקוני] דורשים את הביטוי לגנאי ורואים בו ביקורת סמויה. לדבריהם, נח היה "מקטני אמנה" – מאמין ואינו מאמין שהמבול אכן יבוא. הוא השתהה בחוץ ולא נכנס אל התיבה מחמת הציווי האלוהי, אלא המתין עד שהמים דחקו אותו פנימה בעל כורחו.
כדי ליישב תפיסה זו עם צדקותו המפורסמת של נח, מסבירים הפרשנים [ברטנורא, נחלת יעקב] כי חוסר האמונה שלו לא נבע מפגם ביראת שמים, אלא מתקווה עמוקה לרחמים. כאשר ראה שהגשם מתחיל לרדת בנחת, הוא קיווה שמא בני דורו יחזרו בתשובה ברגע האחרון והגזירה תתבטל. גישות נוספות [פרדס יוסף] מציעות כי נח חשב שזכותו כצדיק תגן על כל הדור ויחד כולם יינצלו, או לחלופין, שחשש כי אמונה מוחלטת מצדו בבוא האסון היא זו שעלולה להפוך אותו למציאות, ולכן נמנע מלהאמין בכך עד הרגע האחרון.
גישה המשלבת בין הדעות [הכתב והקבלה] מציעה שכניסתו של נח הייתה תהליך הדרגתי. בתחילה נכנס לתיבה מתוך ציות לציווי ה', אך המשיך לצאת ולבוא במהלך שבעת הימים כדי להכניס ציוד ומזון, ואולי אף לנסות לעורר את בני דורו לתשובה. רק בסוף, מִפְּנֵי מֵי הַמַּבּוּל, הפכה הכניסה לסופית ומוחלטת ללא דרך חזרה.