מי המבול מגיעים לשלב חדש ומאיים, שבו הנוף המוכר נעלם כליל תחת זרמים אדירים, והמבנה היחיד שנותר לפליטה מתחיל את מסעו על פני התהום. שלב זה מציין מעבר מהצפה פסיבית למערכת של כוחות טבע משתוללים, המניעים את התיבה ללא כל שליטה אנושית.
בביאור המילים וַיִּגְבְּרוּ הַמַּיִם, הפרשנים מציגים גישות שונות באשר לאופי התגברות זו. גישה אחת מתמקדת בכוח ובעוצמה: המים באו בשטף חזק ועז, שעקר אילנות והפיל בניינים [רמב"ן, העמק דבר]. התגברות זו מבטאת את שבירת חוקי הטבע, שכן ה' חקק שהמים יקוו וייראו היבשות, וכעת המים עברו על חוקם, התקוממו וגברו על הארץ [ביאור יש"ר]. מנגד, יש המפרשים את ההתגברות במונחים של כמות וגובה. לפי גישה זו, השורש גב"ר קרוב במשמעותו לשורש גב"ה, והכוונה היא שהמים נשארו גבוהים מעל הארץ [שד"ל] ונתרבו במידה עצומה [רמב"ן, רד"ק].
כדי ליישב את הכפילות בפסוק בין וַיִּגְבְּרוּ לבין וַיִּרְבּוּ, יש המבחינים בין איכות לכמות: המילה הראשונה מתייחסת לאיכות המים ולשטף החזק, ואילו המילה השנייה מתייחסת לכמות המים שהמשיכה להתווסף [מלבי"ם]. תיאור כפול זה נועד להציג הדרגה בהחמרת המצב, להדגיש שלא רק שהמים רבו, אלא שעוצמתם וכמותם הגיעו לממדים חסרי תקדים [קאסוטו].
שאלה מרכזית שעולה ממקורות אלו היא מניין נבעה תגבורת זו. רוב המפרשים מסכימים כי שלב זה התרחש לאחר שכבר הסתיימו ארבעים ימי גשמי המבול [מזרחי, גור אריה]. משום כך, המים גברו מעצמם [רש"י]. כלומר, התגברות המים לא נבעה עוד מגשמים היורדים מן השמים, אלא ממי התהום שהמשיכו לעלות ולפרוץ מלמטה [מזרחי, שפתי חכמים]. עלייה זו, שהתרחשה ללא סיבה טבעית נראית לעין, נבעה מגזרת ה' [ברכת אשר על התורה, גור אריה]. במניין ימי התגברות אלו, יש הסוברים כי יום תחילת המבול נכלל בספירה הרציפה של התאריכים [רא"ש]. דעה נוספת מציעה כי הפעלים בפסוק מתארים למעשה זמן עבר רחוק, כך שמצב המים כפי שהצטבר עד לאותו רגע הוא שיצר את התנאים שאפשרו לתיבה להתחיל לנוע [ברכת אשר על התורה].
חלקו השני של הפסוק, וַתֵּלֶךְ הַתֵּבָה, מתאר את תוצאת ההתגברות. דחיפת המים האדירה שעלתה מלמטה [ספורנו], יחד עם ריבוי המים הכללי, הניעו את התיבה ממקומה הראשון והוליכו אותה הנה והנה [רד"ק, מלבי"ם, קאסוטו]. הפרשנים מדגישים את אופיו המיוחד של מסע זה: התיבה לא הייתה אונייה רגילה, ולא היו לה תורן, מפרש, משוטים או רב חובל שיכוון אותה [ביאור יש"ר, שטיינזלץ]. היא נסחפה לחלוטין עם תנועת המים, אך הונהגה בהשגחה אלוהית פלאית, שהוליכה אותה בנחת ובשקט על פני המים העזים כדי להחיות את נח ואת אשר איתו [ביאור יש"ר].