נקודת המפנה של המבול מתרחשת כאשר עוצמת ההרס הופכת לכוח נשיאה. המים, שעד כה תוארו כגשם ניתך, מצטברים לכדי מסה אדירה שמשנה את פני הקרקע ומנתקת את התיבה מאחיזתה באדמה.
הכתוב פותח בציון אַרְבָּעִים יוֹם, אף שמשך זמן זה של ירידת הגשמים כבר הוזכר בפסוקים הקודמים. רוב הפרשנים מסבירים כי אין זו חזרה מיותרת, אלא תיאור של סיבה ותוצאה: דווקא משום שהמבול נמשך ארבעים יום ברציפות, הכוללים ימים ולילות יחד [רד"ק], הגיעו המים למפלס כזה שאפשר את נשיאת התיבה [חזקוני, ביאור יש"ר, קאסוטו, מלבי"ם]. ציון התקופה מדגיש כי בארבעים ימים אלו הושגה המטרה המרכזית של מחיית הברואים, וכל מה שאירע לאחר מכן נועד רק כדי להשחית את הארץ עצמה [העמק דבר]. לתקופה זו ישנה גם משמעות סמלית, שכן היא עומדת כנגד חטאי הדור: עבודה זרה, השקולה לכפירה בתורה שניתנה בארבעים יום, וגילוי עריות, שכן יצירת הוולד אורכת ארבעים יום [כלי יקר]. יש אף הסבורים כי ימים אלו הותירו רושם רוחני בעולם לדורות [שפתי כהן]. באשר לחישוב הכרונולוגי, קיימת מחלוקת האם היום הראשון של ירידת הגשמים נכלל במניין ארבעים הימים, נתון המשפיע על תאריך סיומם המדויק בחודש כסלו [הרא"ש, הטור הארוך].
שיאו של התהליך מתואר במילים וַיִּרְבּוּ הַמַּיִם וַיִּשְׂאוּ אֶת הַתֵּבָה וַתָּרָם מֵעַל הָאָרֶץ. התיבה, שהייתה עמוסה וכבדה מאוד, לא צפה מיד עם תחילת הגשמים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהתיבה הייתה משוקעת בתוך המים בעומק של אחת עשרה אמה. כל עוד לא עברו המים את המפלס הזה, הכובד של התיבה גבר על המים והיא נותרה צמודה לקרקע. רק לאחר ארבעים יום, כשהמים עלו והצטברו, הם הצליחו לגבור על משקלה העצום ולהרים אותה [רש"י, מזרחי, לבוש האורה, משכיל לדוד, שפתי חכמים, רש"ר הירש, ביאור שטיינזלץ]. מנגד, יש המבקרים את הניסיון לחשב באופן מתמטי ומדויק את קצב עליית המים, שכן תנאי הטבע המשתנים, כמו אידוי המים והבדלי הגבהים של ההרים, אינם מאפשרים חישוב פשטני כזה [ברכת אשר על התורה].
תהליך ההתרוממות התרחש בשלבים. המים, שהורכבו מגשמים עזים שירדו מלמעלה וממי תהום רותחים שעלו ובקעו מלמטה [אברבנאל, אלשיך], גרמו תחילה לניתוק התיבה מהקרקע. בשלב זה התיבה רק התרוממה מעל פני האדמה אך עדיין נותרה במקומה, ורק לאחר מכן, עם התגברות נוספת של המים שלא בדרך הטבע, היא החלה לשוט ולהתנייד [רד"ק, מלבי"ם, אלשיך].