רגע הכניסה לתיבה וסגירתה מהווה את נקודת המעבר הדרמטית שבין העולם הישן שעומד להיחרב, לבין תחילת הצלתו של נח. הפסוק מתמקד בשני שלבים: אופן הגעתם של בעלי החיים, והחתימה הסופית של התיבה בידי ה׳.
באשר להגעת החיות, הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שהחיות הגיעו אל התיבה מאליהן בדרך נס [בעל הטורים, רא"ש, אלשיך]. נח הותיר את פתח התיבה פתוח משום שלא הכיר את כל מיני בעלי החיים שבעולם, וחשש לסגור את הדלת בטרם יוודא שכולם נכנסו. רק כאשר כולם נאספו, נסגרה הדלת [בכור שור, חזקוני]. מנגד, ישנה דעה ולפיה נח הוא שהכניס אותם באופן פעיל לתיבה כפי שנצטווה [רמב"ן], והוא זה שדאג להעמיד כל מין ומין במדור המיועד לו [רד"ק]. הכתוב מדגיש כי החיות שבאו היו זָכָר וּנְקֵבָה, כלומר זוגות מדויקים של זכר אחד ונקבה אחת [העמק דבר, קאסוטו], ואפילו במיני עופות שבהם דרכו של זכר אחד להיות עם נקבות רבות, הגיעו רק זוגות בודדים [מלבי"ם].
חלקה השני של הפסוק, וַיִּסְגֹּר ה׳ בַּעֲדוֹ, מתאר את המעורבות האלוהית הישירה בהגנה על נח. הפרשנים מבארים כי משמעות המילה בַּעֲדוֹ היא "כנגדו" [רש"י, שד"ל, גור אריה, ביאור יש"ר]. התערבות זו של ה׳ התבטאה בכמה רבדים של הגנה עוטפת.
ברובד הפיזי והטבעי, הסגירה נועדה להגן על התיבה מפני עוצמת המים האדירה. מכיוון שאדם אינו מסוגל לאטום לחלוטין תיבת עץ קלה מפני סופה כה עזה, ה׳ פעל כדי שלא ייפתח בה אפילו נקב קטן ולא תחדור אליה טיפת מים [אבן עזרא, רד"ק, ביאור יש"ר, שטיינזלץ]. בעוד שנח סגר את הדלת מבפנים, ה׳ דאג לאטימה המושלמת מבחוץ, ואף חתם את הפתח בשמו הגדול כדי שלא יוכל להיפתח [קאסוטו, פענח רזא].
ברובד נוסף, הסגירה נועדה להגן על נח מפני סכנות חיצוניות ופנימיות. מבחוץ, אנשי דור המבול הרשעים ניסו לשבור ולהפוך את התיבה, וה׳ הקיף אותה בדובים ואריות שהרגו את התוקפים והגנו עליה [רש"י, מזרחי, צאינה וראינה]. מבפנים, ה׳ שמר על נח מפני החיות הרעות ששהו עמו בתיבה וסגר את פיהן כדי שלא יפגעו בו [רלב"ג, צרור המור].
לבסוף, בחירת הכתוב בשם ה׳ מעידה על מידת הרחמים וההשגחה הפרטית. אף על פי שנח עשה את כל המוטל עליו ובנה את התיבה, ההצלה האמיתית נבעה מחסד עליון, שסגר והבדיל אותו מן העולם הישן שנגזרה עליו כליה, ושמר עליו מכל משחית למען עתיד האנושות [מלבי"ם, רש"ר הירש, צרור המור].