ההבנה המפוכחת של איש עצה חכם, הרואה את קריסת התוכנית הפוליטית שטווה, מובילה אותו למהלך אחרון ומחושב שנועד להציל את כבודו ואת רכוש משפחתו. כאשר אחיתופל מבין שדבריו נדחו, הוא מסיק מיד את ההשלכות הרות הגורל של החלטה זו.
הוא מתארגן לנסיעה, ופעולת וַיַּחֲבֹשׁ מתפרשת כחגירת אוכף החמור [מצודת ציון]. משם הוא עוזב אֶל בֵּיתוֹ אֶל עִירוֹ, כלומר הוא נוטש את מקום מלונו הזמני בירושלים וחוזר אל ביתו הקבוע שבעירו המקורית, גילה [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. אגב כך, ישנה מסורת נוסח בחלק מכתבי היד שלפיה נכתב "ואל עירו" בתוספת האות ו', אך הנוסח המוגה והמקובל הוא ללא האות ו' [מנחת שי, רד"ק].
הסיבה למעשיו נובעת מכך שרָאָה כִּי לֹא נֶעֶשְׂתָה עֲצָתוֹ. בהיותו אדם חכם מאוד, אחיתופל זיהה את חולשת המרד והבין כי דחיית עצתו היא התערבות מאת ה' שנועדה להפר את תוכניתו ולהציל את דוד. הפרשנים מסכימים כי אחיתופל צפה את מפלתו הוודאית של אבשלום ואת חזרתו של דוד למלכות. הוא ידע היטב כי בהיותו ראש המורדים, דוד צפוי לנקום בו ולהוציאו להורג, והוא חשש מהחרפה, מהייסורים ומהעונש הפומבי שיבואו עליו [רלב"ג, רד"ק, חומת אנך].
לפני מותו, וַיְצַו אֶל בֵּיתוֹ. אחיתופל עורך צוואה ומסדיר את ענייני נחלתו, כדרך אדם הנוטה למות [מצודת דוד, רד"ק]. על פי המסורת, צוואה זו כללה שלוש הוראות מרכזיות לבניו: אזהרה שלא למרוד לעולם במלכות בית דוד משום שה' מסייע להם בגלוי, המלצה שלא לשאת ולתת עם אדם שהשעה משחקת לו ומצליח בעסקיו, והדרכה חקלאית הנוגעת לזריעת חיטים [אברבנאל].
מיד לאחר מכן וַיֵּחָנַק. הבחירה של אחיתופל לשים קץ לחייו בעצמו לא הייתה רק תוצאה של ייאוש, אלא צעד משפטי וכלכלי מחושב. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שאילו היה ממתין להוצאתו להורג בידי דוד, הוא היה נידון כמורד במלכות, ועל פי הדין כל רכושו ונכסיו היו מוחרמים לטובת אוצר המלך. על ידי כך שהקדים והמית את עצמו, הוא מנע את החרמת הרכוש והבטיח כי נכסיו יעברו בשלמותם ליורשיו [מלבי"ם, מצודת דוד, חומת אנך, אברבנאל].
החלטה זו השפיעה גם על קבורתו, וכך וַיִּקָּבֵר בְּקֶבֶר אָבִיו. ההתאבדות אפשרה לו להיקבר בכבוד באחוזת הקבר המשפחתית כאדם בעל מעמד, זכות שככל הנראה הייתה נשללת ממנו אילו היה מומת ונקבר כמורד במלכות [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ]. בסופו של דבר, בשל מעשיו, אחיתופל לא זכה להאריך ימים ומת בגיל שלושים ושלוש בלבד [אברבנאל].