ברגעי משבר ותבוסה, התגובה הטבעית של מנהיג היא לפנות אל ה' בתפילה ובתחנונים, אך תגובתו של ה' למעשהו של יהושע מפתיעה ודורשת מעבר מיידי ממעמד של תחינה לעשייה אקטיבית. ה' מצווה על יהושע קֻם לָךְ, כלומר קום מן הארץ [ביאור שטיינזלץ]. הפרשנים שמים לב לכך שהמילה קֻם נכתבה במקור חסרת אות וי"ו, ולכן ניתן לקרוא אותה גם כ"קָם". כתיב זה מרמז ליהושע כי תפילתו וטענותיו בדבר חילול שמו הגדול של ה' התקבלו, והן כבר "קמו" ועמדו לזכותו [רש"י, מנחת שי].
באשר לתוספת המילה לָךְ, יש המבארים כי היא מכוונת לדעתו האישית של יהושע; מאחר שיהושע לא היה מודע לחטא שנעשה, ה' אומר לו לקום, שכן לפי דעתו וידיעתו אין סיבה לחשוש [אלשיך]. מנגד, יש הסבורים כי התוספת רומזת לאחריותו האישית של יהושע למצב. לפי גישה זו, התבוסה נגרמה בגללו, משום שהוא זה שהחליט להקדיש את שלל העיר יריחו מדעתו, מבלי שה' ציווה אותו על כך במפורש [רש"י].
רובד נוסף בביאור ההוראה לקום קשור למיקומו הפיזי של יהושע בזמן הקרב. יהושע נשאר במחנה ולא יצא עם הלוחמים למערכה. ה' מזכיר לו את ציוויו של משה רבנו, לפיו המנהיג חייב לצאת לפני העם ולהוביל אותם בקרב. לכן, ה' דורש ממנו לקום ולצאת בעצמו אל המערכה, ומבטיח לו שאם יעשה כן, הם יצליחו ולא יאונה להם כל רע [רש"י, אברבנאל, אלשיך].
בהמשך דבריו, ה' שואל לָמָּה זֶּה אַתָּה נֹפֵל עַל־פָּנֶיךָ. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא ששאלתו של ה' נועדה להבהיר ליהושע שאין כעת כל צורך בצעקות, בתחנונים או בבקשת רחמים. הסתלקות ההשגחה האלוהית והתבוסה במלחמה אינן שרירותיות, אלא תוצאה ישירה של חטא חמור ולקיחה מן החרם. כל עוד סיבת החטא קיימת במחנה, התפילה לא תועיל, והפתרון היחיד הוא לאתר את החוטא ולבער את הרע.
מנקודת מבט פנימית יותר, מוסבר כי למרות שפעולת נפילת אפיים היא כלי רוחני עוצמתי לבירור ניצוצות של קדושה, במקרה זה היא אינה מספיקה. החטא יצר כוח מקטרג בעולם, וכדי להשיב את ישראל למדרגתם הרוחנית הראשונה, חובה להשמיד את הקטיגור באמצעות ענישת החוטא [חומת אנך]. הפנייה הישירה והנוקבת אל יהושע נובעת מכך שהוא ובית דינו מייצגים את ההנהגה. בעוד שבעם היו כאלה שלא חטאו כלל וכאלה שידעו על החטא ושתקו, רק להנהגה יש את הכוח, הסמכות והאחריות לעשות משפט ולתקן את המעוות [אלשיך].