רגע לפני ביצוע גזר הדין, יהושע מתעמת עם עכן ומטיח בו את חומרת מעשיו. הוא מכריז כי העונש שיושת עליו יהיה מידה כנגד מידה על האסון שהביא על העם. לאחר מכן, מתבצע הליך ענישה מורכב הכולל רגימה, שריפה וסקילה, אשר מעורר את השאלה כלפי מי כוון כל שלב בעונש ומדוע.
הביטוי מֶה עֲכַרְתָּנוּ יַעְכָּרְךָ ה׳ בַּיּוֹם הַזֶּה מבטא את כעסו של יהושע: כשם שזיהמת אותנו, הבאת עלינו צרה גדולה וגרמת לאסון, כך ה' יביא עליך צרה ביום הזה [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ].
לאחר דברים אלו, הכתוב מציג רצף פעולות שלכאורה נראה כפול: תחילה רגימה באבן, לאחר מכן שריפה באש, ולבסוף סקילה באבנים. הפרשנים מציעים מספר דרכים ליישב את המורכבות הזו.
גישה אחת מסבירה שהעונש המקורי על לקיחת שלל החרם היה שריפה. הסיבה שעכן נסקל תחילה היא שעבר עבירות חמורות נוספות שדינן סקילה. יריחו נכבשה ביום השבת, ובעצם גניבת השלל והוצאתו, עכן חילל את השבת [רש"י, רד"ק]. דעה נוספת מציעה שעכן התחייב בסקילה בשל חטא מוסרי חמור אחר. לפיכך, יהושע ביקש לקיים בו את שני העונשים: תחילה וַיִּרְגְּמוּ אֹתוֹ... אֶבֶן, כלומר השליכו עליו אבן אחת כבדה כפי שמקובל בהליך הסקילה. בעודו בחיים, המשיכו לשלב הבא, וַיִּשְׂרְפוּ אֹתָם, כדי לקיים את עונש השריפה על מעילה בחרם [אלשיך].
לעומת זאת, יש המפרשים כי העונש המשפטי היחיד היה שריפה. הרגימה הראשונה, וַיִּרְגְּמוּ אֹתוֹ, שמשמעותה השלכת אבנים [מצודת ציון], הייתה למעשה התפרצות ספונטנית. בעת שהובילו אותו אל עמק עכור כדי לשורפו, העם השליך עליו אבנים מתוך זעם רב, ורק לאחר מכן שרפו אותו ואת רכושו [רד"ק].
הכתוב עובר מלשון יחיד ("אֹתוֹ") ללשון רבים ("אֹתָם"), והפרשנים מסבירים כי העונשים השונים כוונו לגורמים שונים. וַיִּשְׂרְפוּ אֹתָם בָּאֵשׁ מתייחס להשמדת רכושו הדומם: האוהל, הבגדים, פריטי החרם שגנב ושאר המטלטלין [רש"י, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. לעומת זאת, וַיִּסְקְלוּ אֹתָם בָּאֲבָנִים מתייחס לבעלי החיים שלו. רוב הפרשנים מסכימים כי שורו, חמורו וצאנו הם אלו שנסקלו [רש"י, רלב"ג, ביאור שטיינזלץ], ויש המוסיפים כי גם בניו ובנותיו נסקלו עמו [מצודת דוד]. יש המדגישים כי הבהמות נסקלו ולאחר מכן נשרפו, תוך הפרדה מוחלטת מעונשו של עכן, כדי שלא לכרוך יחד במעמד אחד המתת אדם והמתת בהמה [רלב"ג].
הפעולה הסופית של הסקילה באבנים נועדה גם כדי להקים גל אבנים גדול על השרידים. גל זה שימש כאות אזהרה לדורות הבאים, וכן כאמצעי כיסוי פרקטי כדי לוודא שאיש לא ישלח יד בשאריות הזהב והכסף שהותכו באש [רלב"ג, רד"ק, אלשיך].