גילוי זהותו של המועל בחרם יריחו מלווה בהוראה אלוהית ברורה ונוקבת באשר לעונש החמור המצפה לו ולסביבתו. הכתוב משרטט את חומרת הפגיעה הכפולה של החוטא, הן כלפי שמיים והן כלפי החברה, ואת ההשלכות ההרסניות של מעשיו.
הביטוי הנלכד בחרם מתייחס לאדם שייתפס לפני ארון הברית בעוון מעילה ברכוש שהוחרם [מצודת דוד]. אף על פי שה' ידע בוודאות מי החוטא, והגורל שהוטל היה מדויק לחלוטין, יהושע התחכם ופעל כדי להוציא מהחוטא הודאה מפורשת בטרם יישפט. הסיבה לכך לא הייתה צורך משפטי בהודאה, אלא צורך חברתי וציבורי: החוטא ומשפחתו החלו להוציא לעז על תהליך הגורל וטענו שהוא מקרי. כדי לסלק כל ספק ומחלוקת בעם, דאג יהושע להודאה פומבית, ומיד לאחריה שלח שליחים שירוצו לאוהל כדי למנוע ממשפחת החוטא להעלים את הראיות ולכסות על קלונו [רלב"ג].
באשר לעונש, הכתוב מורה כי החוטא ישרף באש, מידה כנגד מידה, שכן העיר יריחו וכל החרם שבה נועדו לשריפה [רד"ק, מלבי"ם]. עם זאת, מתעוררת מורכבות פרשנית סביב יישום העונש על אתו ואת כל אשר לו.
גישה אחת גורסת כי דין השריפה חל על כל סביבתו של החוטא: רכושו, ילדיו הקטנים הנידונים כחלק מממונו, ואף בניו הגדולים שנענשו משום שראו את המעשה ושתקו. אשתו לא נענשה, משום שלא הייתה לו אישה או משום שלא ידעה על המעשה כיוון שהרכוש הוטמן בסתר באדמה [רד"ק].
מנגד, פרשנים אחרים מבחינים בין דין הרכוש לדין האדם, לאור התיאור בהמשך הפרק שבו מתואר כי החוטא נסקל. לפי גישה זו, טעמי המקרא מפרידים בין חלקי המשפט, כך שזהו "מקרא קצר": האוהל והרכוש הדומם נשרפים באש, ואילו החוטא ובהמותיו נידונים בסקילה [רש"י]. הסבר נוסף להמרת השריפה בסקילה הוא שהחוטא חילל את השבת במעשהו. מכיוון שחילול שבת גורר עונש חמור יותר של סקילה, נידון החוטא בעונש החמור מבין השניים, וגם בהמותיו נסקלו עמו כדי שלא תהיה מיתתן קלה משלו [מלבי"ם].
הפסוק חותם בפירוט הסיבות לעונש הכבד, המורכב משני רבדים. הרובד הראשון, כי עבר את ברית ה', מציין את עצם המעשה האסור והפגיעה באלוהים [ביאור שטיינזלץ]. הרובד השני, וכי עשה נבלה, מתאר מעשה מגונה ומשפיל [מצודת ציון], שבו אדם פושע בעבור חמדה קטנה [ביאור שטיינזלץ]. מעשה זה מוגדר כפגיעה בישראל, שכן בגלל חטאו של היחיד נענש העם כולו וספג מפלה כואבת [מלבי"ם].