לאחר שמנוח מבין כי אורחו אינו מתכוון לסעוד עמו את סעודתו, הוא הופך את המזון שהכין לקרבן המוקרב ישירות לה'. פעולה זו מהווה נקודת מפנה, שבה מתגלה זהותו האמיתית של האורח וההתרחשות עוברת ממישור ארצי למישור ניסי.
הפסוק מתאר כיצד וַיִּקַּח מָנוֹחַ אֶת גְּדִי הָעִזִּים וְאֶת הַמִּנְחָה, שהיא מנחת הסולת הנלווית לקרבן הבהמה, וַיַּעַל עַל הַצּוּר, כלומר על הסלע ששימש כמזבח, לשם קרבן עולה לַה' [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. הקרבת קרבן מחוץ למשכן שילה באותה תקופה הייתה כרוכה בבעיה הלכתית של איסור הקרבה בבמות. הפרשנים מסבירים כי מעשה זה הותר כהוראת שעה זמנית, משום שמנוח פעל על פי הנחייתו המפורשת של המלאך, שנתפס באותו רגע כנביא המוסמך להתיר זאת באופן חריג [רד"ק, אברבנאל].
בשלב זה מתרחש פלא, והכתוב מציין וּמַפְלִא לַעֲשׂוֹת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמלאך עשה נס גלוי והוציא אש מן הסלע, או הוריד אש מן השמים, כדי שתאכל את הקרבן. הלהבה הלכה וגדלה, והמלאך נסתלק ועלה השמימה בתוך אותה אש. יש המוסיפים כי מטרת הפלא הייתה להוות אות ומופת שנועדו להצדיק מבחינה הלכתית את הקרבת הקרבן מחוץ למשכן [אהבת יהונתן]. לצד זאת, קיימות גישות נוספות להבנת המילים וּמַפְלִא לַעֲשׂוֹת: יש שפירשו כי המלאך ביצע פעולות פלאיות שלא תוארו במפורש בכתוב, כדוגמת חיתוך מהיר של הגדי [ביאור שטיינזלץ]. אחרים קושרים זאת לשמו של המלאך, "פלאי", ודורשים כי המלאך עשה בקרבן כרצונו הפלאי [אברבנאל]. פירוש נוסף מציע כי המילה "ומפליא" נגזרת מלשון העלמה, כלומר שהמלאך ביצע את מעשיו באופן נסתר ונעלם [אברבנאל].
בזמן התרחשות הנס, וּמָנוֹחַ וְאִשְׁתּוֹ רֹאִים ומסתכלים במעשיו. עולה השאלה כיצד הקריב מנוח את הקרבן בנוכחות המלאך, מבלי שייראה הדבר כאילו הוא עובד עבודה זרה ומקריב למלאך עצמו. על כך מוסבר כי המלאך הפריש את עצמו ממקום הקרבן, נעמד לצידם של מנוח ואשתו, ושלושתם יחד הביטו באש האוכלת את הקרבן. כך הוכח באופן ברור שהקרבן הוקרב לה' בלבד [אלשיך].
מראה הפלא ועליתו של המלאך בלהבה עוררו במנוח חרדה עמוקה. הוא חשש משתי מיתות: מיתה גשמית בעולם הזה בעקבות עצם הראייה של ישות אלוהית, ומיתה רוחנית בעולם הבא כעונש על כך שהקריב קרבן מחוץ למשכן, שכן לשיטתו מלאך אינו מוסמך להתיר זאת. אולם, אשתו הרגיעה אותו בטענה הגיונית: העובדה שה' קיבל את הקרבן ברצון והראה להם את כל הפלאות והבשורות הטובות, מוכיחה שאין בכוונתו להמיתם אלא להפך [צאינה וראינה, אהבת יהונתן].