שבר החורבן מגיע לשיאו כאשר האויב אינו מסתפק בכיבוש פיזי, אלא חודר אל קודש הקודשים ורומס את הערכים המקודשים ביותר של האומה. הטרגדיה מתעצמת לנוכח הפגיעה הכפולה: אובדן אוצרות הרוח והחומר, וחילול המרחב המקודש על ידי אומות שנדחו לחלוטין מלבוא בקהל ה'.
הפרשנים מציגים שתי גישות מרכזיות להבנת המילים יָדוֹ פָּרַשׂ צָר עַל כָּל מַחֲמַדֶּיהָ. הגישה הראשונה מתמקדת ברובד הפיזי והחומרי, ולפיה האויב שדד בבת אחת את כל עושרה של ירושלים, את כספה, זהבה ואת כלי השרת הקדושים של המקדש [פלגי מים, לחם דמעה, ראשון לציון]. הגישה השנייה, המקובלת על רוב הפרשנים, מעניקה לפסוק משמעות רוחנית עמוקה. לפי גישה זו, האויב המוזכר כאן הוא עמון ומואב, והמילה מַחֲמַדֶּיהָ מכוונת לספרי התורה, שמתוארים כנחמדים מזהב. בעוד שאר האומות בזזו כסף וזהב, עמון ומואב התעלמו מהרכוש ופנו במכוון לקחת את ספרי התורה כדי לשורפם. מעשה זה נעשה מתוך נקמה על כך שהתורה אוסרת עליהם לבוא בקהל ה' ולהתגייר [רש"י, תורה תמימה, צאינה וראינה, אלשיך]. פירוש נוסף קובע כי המילה מַחֲמַדֶּיהָ מתייחסת לבית המקדש עצמו. אילו ישראל היו זוכים במעשיהם, האויב לא היה יכול לחמוד ולשלוט בארצם ובמקדשם, אך משחטאו, ניתנה לאויב שליטה על המקום החמוד והיקר ביותר [תורה תמימה].
המשך הפסוק, כִּי רָאֲתָה גוֹיִם בָּאוּ מִקְדָּשָׁהּ, מתייחס לירושלים שרואה את חורבנה [אבן עזרא]. הכאב הגדול והאמיתי של ירושלים לא היה על אובדן הרכוש, אלא על עצם המראה של גויים, ובמיוחד אומות פחותות ודחויות כעמון ומואב, צועדים בתוך המקדש. זהו עלבון כפול, שכן אפילו לישראל עצמם אסור היה להיכנס למקומות המקודשים הללו, קל וחומר לגויים אֲשֶׁר צִוִּיתָה לֹא יָבֹאוּ בַקָּהָל לָךְ [ראשון לציון, ביאור שטיינזלץ, לחם דמעה].
מדוע באה הצרה הזו על ישראל? יש המבארים כי מדובר בעונש של מידה כנגד מידה. בעבר, בעת שישבו בשלווה, ישראל אפשרו לגויים להיכנס למקדש ולא מיחו בידם, ולכן כעת פרחה הקדושה מהמקום והאויבים יכלו לשלוט בו ולחללו [לחם דמעה, פלגי מים]. כמו כן, ישראל המירו את חמדתם האמיתית, שהיא התורה והמצוות, בתאוות חומריות, ולכן נענשו באובדן מחמדיהם ובכך שהאויב מנע מהם לחם פיזי, בדומה לעמון ומואב שסירבו לקדם את ישראל בלחם ובמים בעבר [אלון בכות].
למרות הייאוש העולה מהפסוק, ישנה גם נקודת אור של נחמה. ישראל מתוארים כמי שאינם נאנחים על אובדן הזהב, אלא רעבים וצמאים ל"לחם" הרוחני, שהוא לימוד התורה שהלך והתדלדל [לחם דמעה]. בנוסף, חכמים מציינים כי כשם שהנביא ירמיהו קונן במילים יָדוֹ פָּרַשׂ צָר, כך בא הנביא ישעיהו וריפא את ישראל באותו מטבע לשון, כשהבטיח לעתיד לבוא "יוסיף ה' שנית ידו" לגאול את עמו [תורה תמימה].