מותו של יעקב במצרים מציב את יוסף בפני התמודדות מורכבת, הדורשת שילוב בין מנהגי המלכות והסביבה המצרית לבין קדושתו הייחודית של אביו והצורך להכינו למסע הקבורה לארץ כנען.
רוב הפרשנים מסכימים כי הפעולה לַחֲנֹט נועדה לשמר את גוף המת ולמנוע את ריקבונו לאורך זמן. הגישה המרכזית מתארת תהליך פיזי מורכב שבו הוצאו האיברים הפנימיים, והגוף מולא בבשמים, שמן אפרסמון וחומרים מייבשים במשך עשרות ימים עד שהתקשה [שד"ל, מחוקקי יהודה, פרדס יוסף, ביאור שטיינזלץ]. עם זאת, ישנה דעה הגורסת כי מפאת כבודו של יעקב, לא פתחו את בטנו כלל, אלא רק פיזרו על גופו אבקת בשמים חיצונית [אבן עזרא, יהל אור]. מבחינה לשונית, מספר מפרשים קושרים את שורש המילה לפסוק "התאנה חנטה פגיה", ומסבירים שהמשמעות היא המתקה, הבשלה, או שימוש בשמן זית בטרם עונתו, בדומה לתהליך שבו הפרי מגיע לגמר תיקונו ושלמותו [רשב"ם, דעת זקנים, בכור שור, רש"ר הירש, צפנת פענח, שפתי כהן].
באשר לזהות מבצעי הפעולה, הפסוק מציין שיוסף ציוה אֶת־עֲבָדָיו֙ אֶת־הָרֹ֣פְאִ֔ים. בעוד שיש המסבירים כי רופאים אלו היו פקידים הכפופים ליוסף שזה היה תפקידם המעשי [ביאור שטיינזלץ], פרשנים אחרים קובעים כי הרופאים, שהיו בקיאים בחכמת הטבע, רק ייעצו והדריכו כיצד לבצע את הפעולה, אך בני יעקב הם אלו שטיפלו בגופת אביהם בפועל כדי שאנשים זרים לא ייגעו בו [רבנו בחיי, צאינה וראינה].
המניע המיידי לחניטה היה הצורך המעשי לשמר את הגוף לקראת המסע הארוך לארץ ישראל [שד"ל], וכן כביטוי של כבוד הראוי למלכים ולנכבדים [אור החיים]. אולם, מעבר לצורך הטכני, פרשנים רבים רואים בחניטה מהלך רוחני ותיאולוגי מול תרבות מצרים. התפיסה המצרית דגלה בשימור הגוף מתוך אמונה שהנפש נותרת קשורה אליו, בניגוד להשקפה היהודית לפיה הגוף שב לאדמה והנפש משוחררת ונצחית [רש"ר הירש, פרדס יוסף]. יוסף חשש שאם גופו של יעקב לא ירקיב באופן טבעי, המצרים יראו בכך פלא, יחשבו אותו לאלוהים ויעבדו אותו. לכן, הוא דאג שיעבור תהליך רגיל של מתים, כדי שהמצרים יבכו אותו כאדם בשר ודם ולא יהפכו את גופו לעבודה זרה [אור החיים, אלשיך, רש"ר הירש].
סוגיה עמוקה שנידונה במקורות היא כיצד מתיישבת החניטה עם התפיסה שגופם של צדיקים אינו מעלה עובש, ועם מאמר חז"ל ש"יעקב אבינו לא מת". יש המסבירים כי גופו של יעקב אכן נזדכך לחלוטין, והחניטה נועדה דווקא להדגיש את נצחיותו ולהראות שגופו הושלם ואינו צריך לשוב לעפר [שפתי כהן]. אחרים מציעים שיוסף, אשר היה שרוי בצער האבלות (ומשום כך הסתלקה ממנו השכינה השורה רק מתוך שמחה), פשוט לא ידע את הסוד הרוחני שאביו אינו עתיד להסריח [אור החיים, פרדס יוסף]. דעה נוספת מחלקת בין הגוף למזון: גם אם גוף הצדיק עצמו אינו מרקיב, שיירי המזון שנותרו במעיים כן עלולים להתעפש, ומשום כך נדרשה פעולת החניטה [אור החיים]. מנגד, יש המפרשים שהחניטה נעשתה לגוף השלם מבלי להוציא את איבריו הפנימיים, בדיוק משום שיעקב לא מת באמת [אלשיך].
לצד ההסברים לפעולתו של יוסף, יש מהמפרשים המצביעים על ביקורת סמויה כלפיו. העובדה שיוסף מסר את גופו הקדוש של יִשְׂרָאֵֽל לידי רופאים מאומות העולם נתפסה כפגם מסוים במידת הביטחון. על פי גישה זו, יוסף היה צריך לסמוך על ה' שישמור על גוף אביו הצדיק, וההישענות על חכמת הרפואה המצרית עוררה עליו תרעומת בשמים [העמק דבר, צפנת פענח].