ספר בראשית נחתם בתיאור מותו של יוסף, פסוק שעל פניו מותיר תחושה קשה של סיום בתוך גלות מצרים, אך למעשה טומן בחובו מסר של תקווה וגאולה. יוסף נפטר כשהוא שומר על זהותו העברית ועל שמו המקורי, חרף שמונים שנות שלטונו בסביבה נכרית, ובכך הוא מציב מופת לעמידה רוחנית בגלות [פרדס יוסף].
לאחר מותו, וַיַּחַנְט֣וּ אֹת֔וֹ. פעולה זו נעשתה על ידי הרופאים המקומיים כנהוג במצרים, בתהליך ארוך שכלל הוצאת איברים פנימיים, רחיצה, ושימוש בבשמים וסממנים למשך ארבעים יום. מטרת החניטה הייתה למנוע את ריקבון הגוף ולשמרו בשלמותו לשנים רבות ולדורות הבאים [אבן עזרא, העמק דבר, ביאור שטיינזלץ, מחוקקי יהודה].
באשר להנחת גופו, המילה וַיִּ֥ישֶׂם מעוררת דיון דקדוקי. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בפועל סביל, כלומר "הושם" או "הונח" על ידי אחרים [רשב"ם, שד"ל, חזקוני]. מנגד, יש המפרשים זאת כפועל פעיל, שמשמעותו שיוסף ציווה עוד בחייו להניח את עצמו בארון, או שאדם אחר שאינו מוזכר בשמו עשה זאת מטעמו [אבן עזרא, רלב"ג].
יוסף הונח בָּאָר֖וֹן. הניקוד בקמץ תחת האות בי"ת מלמד כי מדובר בארון הידוע והמוכר, שאותו בחר והכין יוסף לעצמו עוד בחייו [אבן עזרא, חזקוני]. רובם המכריע של הפרשנים מסכימים כי יוסף לא נקבר באדמה כלל. ארונו, שהיה עשוי עץ, הוצב מעל פני הקרקע כמעין פיקדון זמני [ספורנו, שד"ל]. זאת בניגוד לאביו יעקב שהועבר מיד לקבורה בכנען. הסיבה לכך הייתה מעשית ורוחנית כאחד: יוסף רצה שארונו יהיה מצוי וגלוי לעיני בני ישראל, כדי שיכירו אותו ויוכלו לשאת אותו עמם בקלות ביום שבו ה' יגאל אותם ממצרים [ספורנו, העמק דבר, בכור שור]. עם זאת, ישנה דעת מיעוט הסוברת שיוסף כן נקבר בארץ, מתוך כוונה להעלותו משם בעתיד [רשב"ם].
הציון כי הדבר אירע בְּמִצְרָֽיִם מקבל רובד נוסף לאור מסורת חז"ל. המצרים, שהעריצו את יוסף על הטובה שהביא להם וראו בו מעין ישות עליונה המספקת ברכה, רצו למנוע מבני ישראל לעזוב אי פעם. לכן, הם עשו לו ארון מתכת והשליכו אותו אל מעמקי נהר הנילוס, מתוך מחשבה שכך אחיו לעולם לא ימצאוהו [רבנו בחיי]. יש אף המציינים כי בעת העתיקה המילה "מצרים" שימשה גם כשמו של נהר הנילוס עצמו, כך שהפסוק מתאר מילולית את הטמנת הארון במי הנהר [אם למקרא]. בסופו של דבר, משה רבנו הוא שטרח והעלה את ארונו של יוסף מן המים, ובכך זכה לשכר עצום על קיום המצווה לעסוק בעצמותיו [רבנו בחיי].
נוכחותו של ארון יוסף במצרים לאורך שנות השעבוד לא הייתה סמל לייאוש, אלא מקור השראה עצום. כשם שיוסף שלט במצרים ולא נתן לגלות לשלוט בו, כך נוכחות ארונו הזכירה לבני ישראל כי הם אינם לבד, וכי בכוחם להתעלות מעל חשכת הגלות בדרכם להפוך אותה לגאולה שלמה [חומש קה"ת].