בעת מנוסתו של דוד, בזכות קשריו של יהונתן עם אנשיו של דוד, ידע יהונתן היכן הוא מסתתר. הוא הגיע למקום מחבואו כבן המלך וכבעל ברית [ביאור שטיינזלץ], וביקור זה הוא למעשה הסיבה לכך שדוד נשאר במקומו בחורשה ולא נס משם [מלבי"ם].
הכתוב מתאר כי יהונתן וַיְחַזֵּק אֶת יָדוֹ, כלומר, עודד את רוחו, אימץ את לבבו להישען על ה' [מצודת דוד], וחידש את ברית הידידות שנכרתה ביניהם בעבר [רש"י].
החיזוק המיוחד שנתן יהונתן לדוד היה בֵּאלֹהִים. הפרשנים מציגים מספר רבדים לאופן שבו התבצע חיזוק זה. הגישה המרכזית היא שיהונתן נסך בדוד ביטחון והבהיר לו שאין לו ממה לחשוש מבני אדם, שכן ה' נמצא עמו ובהשגחתו יציל אותו מיד אויביו [מלבי"ם, מצודת דוד]. יתרה מזו, יהונתן הזכיר לדוד את ההבטחה הנבואית המפורשת שהוא עתיד למלוך על ישראל, הבטחה שמשמעותה היא כי ידו של שאול לעולם לא תשיג אותו [רד"ק].
גישה נוספת מעמיקה במשמעות החיזוק האלוהי וקושרת אותו להשגחה גלויה ולמסורות קדומות. ייתכן שיהונתן הזכיר לדוד כיצד אחימלך הכהן שאל עבורו בה', דבר המעיד כי ה' עונה לו ומצליח את דרכו. רובד עמוק עוד יותר טמון בקשר המהותי שבין מלכות דוד לשכינה, המכונה בשם "אלוהים". על פי מסורת שהייתה רווחת בישראל, המלכות הנצחית עתידה לצמוח משבט יהודה, בניגוד למלכותו הזמנית של שאול. יהונתן הצביע על ההצלחות הניסיות של דוד במלחמותיו כהוכחה חיה לכך שהוא אכן המלך המיועד, וחיזק את ידו בכך שהזכיר לו כי מלכותו קשורה בקשר הדוק לה' עצמו, ולכן מובטח לו שה' לעולם לא יעזוב אותו [אלשיך].