בסיומה של רשימת הערים הממוקמות באזור הנגב, עולה קושי מספרי בולט. הכתוב מסכם את הרשימה במילים עשרים ותשע, אולם ספירה של כלל הערים שפורטו בפסוקים הקודמים מראה כי ישנן שלושים ושמונה ערים.
הפרשנים מסכימים כי הפער המספרי נובע מכך שתשע מתוך הערים הללו הופחתו מחלקו של שבט יהודה והועברו לנחלת שבט שמעון, אשר נחלתו נקבעה בתוך גבולות יהודה [רש"י, רד"ק, מצודת דוד, שטיינזלץ].
אמנם, כאשר משווים רשימה זו לרשימת ערי שמעון המופיעה בהמשך הספר, נראה לכאורה שישנן עשר ערים חופפות. כדי ליישב זאת ולשמור על החשבון המדויק של תשע ערים עודפות, מוסבר כי שמות דומים המופיעים בשתי הרשימות (כגון בלה ובעלה, או בתול וכסיל) אינם מצביעים על אותו מקום, אלא מדובר בערים שונות לחלוטין [רד"ק].
גלגול היסטורי מעניין התרחש באחת מאותן ערים שהועברו לשמעון, העיר צקלג. לאחר שנכבשה על ידי בני ישראל ונפלה בחלקו של שמעון, היא נלקחה מהם על ידי מלך גת הפלשתי. מאוחר יותר, כאשר ניתנה העיר לדוד, היא חזרה להיות תחת שליטתם של מלכי יהודה מאותו יום והלאה [רד"ק].
בנוסף, התיבה וְחַצְרֵיהֶֽן מתארת את היישובים הפרוזים הקטנים והשטחים החקלאיים שסבבו את הערים [שטיינזלץ]. המניין של עשרים ותשע מתייחס אך ורק לערים המרכזיות עצמן, ומלבדן היו גם אותן חצרות ויישובים קטנים שלא נכנסו לספירה זו [מצודת דוד].