חציית הירדן ההיסטורית מסתיימת ברגע דרמטי שבו הטבע חוזר לשגרתו, תוך הפגנת שליטה מדויקת של ה' על איתני הטבע. לאחר שהכהנים עמדו בתוך אפיק הנהר משך כל זמן מעבר העם, הם מקבלים את ההוראה לצאת [ביאור שטיינזלץ]. המילה הכתובה בפסוק היא "בעלות", אך היא נקראת כַּעֲל֨וֹת, ולמעשה שתי הצורות נושאות משמעות זהה [רד"ק].
ברגע שבו נִתְּקוּ, כלומר נעקרו וסרו ממקומם [מצודת ציון], כפות רגלי הכהנים מן הנהר, הם דרכו אֶל הֶחָרָבָה. ישנה הבחנה דקה בין המונחים: בעוד שאמצע הירדן התייבש לחלוטין ונקרא "יבשה", שפת הנהר שאליה יצאו הכהנים נותרה לחה ומעט בוצית, ולכן היא מכונה "חרבה" [מלבי"ם].
עם יציאת הכהנים, נוצר מצב שבו ארון הברית והכהנים נמצאים בעבר אחד של הנהר, וכל עם ישראל בעברו השני. כדי לפתור זאת, התרחש נס פלאי ונסתר: הארון נשא את הכהנים שנשאו אותו, והעביר אותם באוויר אל העבר השני [רש"י].
מיד עם ניתוק רגלי הכהנים, חזרו מי הירדן למקומם. הפסוק מדגיש שהמים זרמו כִתְמוֹל שִׁלְשׁוֹם. רוב הפרשנים מצביעים על נס נוסף הטמון במילים אלו: מכיוון שהמים נערמו לגובה רב במשך זמן החצייה, שחרורם הפתאומי היה אמור ליצור שיטפון הרסני ופראי שהיה מציף את הסביבה כולה. הפלא היה שהמים ירדו בהדרגה ובמתינות, עד שחזרו לזרום בטבעיות ולמלא את הנהר עַל כָּל גְּדוֹתָיו, מבלי להותיר כל זכר למופת העצום שהתחולל שם רגעים ספורים קודם לכן [רד"ק, מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ].