הקמת מצבת האבנים בעת חציית הירדן נועדה לצקת משמעות היסטורית ורוחנית אל תוך החומר, כדי להבטיח שהנס הגדול לא יישכח. המצבה משמשת כגשר בין חוויית ההווה של דור יוצאי המדבר לבין התודעה של הדורות הבאים שייוולדו בארץ ישראל.
הפרשנים מבארים כי המילה אוֹת משמעותה סימן, והמילה מָחָר אינה מתייחסת ליום המחרת כפשוטו, אלא לזמן עתיד כלשהו שבו הבנים יראו את גל שתים-עשרה האבנים הגדולות ויתמהו על פשרו [ביאור שטיינזלץ, מצודת דוד].
עיון מדוקדק מלמד שישנו הבדל בין פסוק זה לבין פסוק דומה המופיע בהמשך הפרק (פסוק כ"א). בעוד שכאן נאמר "כִּי יִשְׁאָלוּן... מָה הָאֲבָנִים הָאֵלֶּה לָכֶם", להלן נאמר "אֲשֶׁר יִשְׁאָלוּן... אֶת אֲבוֹתָם... מָה הָאֲבָנִים הָאֵלֶּה" [מנחת שי]. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שהבדל זה נובע מכך שפסוקנו מכוון כלפי הדור הנוכחי שחווה את הנס בעצמו, ולכן מודגשת המילה לָכֶם, בעוד שהפסוק המאוחר יותר מכוון לדורות העתיד [מלבי"ם, אלשיך].
אך עולה השאלה: מדוע דור שראה את הנס במו עיניו זקוק לאות? התשובה היא שעבור הדור הנוכחי האבנים אינן משמשות רק כזיכרון היסטורי, אלא כסימן תיאולוגי שנועד למנוע גאווה. האבנים נלקחו מתחת לרגלי הכהנים כדי להזכיר לעם שקריעת הירדן לא התרחשה בזכות כוחם או צדקתם, אלא אך ורק מכוח קדושת ארון ברית ה' [מלבי"ם].
רובד נוסף העולה מן המקורות נוגע למצבם הנפשי של בני ישראל באותה עת. העם כולו היה אחוז פחד שמא המים ישובו וישטפו אותם בגלל חטאיהם, ולכן הם מיהרו לחצות את הנהר. לעומתם, שנים-עשר האנשים שנבחרו לשאת את האבנים עמדו בקרבת הארון וראו בבירור כיצד המים נעצרים בדיוק ברגע שבו רגלי הכהנים נגעו בהם. ראייה ישירה זו נסכה בהם ביטחון מוחלט בכוחו של הארון, ולכן האות מכוון בראש ובראשונה אליהם כעדי הראייה המובהקים ביותר של הנס. כדי להבטיח שהקשר בין האבנים לבין הירדן לא יאבד בחלוף השנים, וכדי שהרואים את המצבה בגלגל ידעו מהיכן היא הובאה, הקים יהושע שתים-עשרה אבנים נוספות בתוך אפיק הירדן עצמו, כך ששתי המצבות ישמשו עדות מקבילה ומשלימה לדורות [אלשיך].