לאחר בחירת האנשים מתוך השבטים, עובר המוקד אל פירוט המשימה המדויקת והנועזת שעליהם לבצע בתוך אפיק הנהר שיבש. משימה זו דרשה אומץ רב וביטחון בה', שכן חומת המים האדירה שניצבה מולם עלולה הייתה לעורר פחד שמא ברגע שבו יסיים העם כולו לעבור, יקרסו המים חזרה וישטפו את נושאי האבנים. מסיבה זו, פותחת ההוראה במילה וְצַוּוּ, שמשמעותה במקרה זה היא זירוז ועידוד. הזירוז ניתן לאנשים עוד בטרם פורטה המשימה עצמה, כדי לחזק את ליבם ולסלק את החשש מפני הבאות [אלשיך].
ההוראה המעשית הייתה לחזור אל תוך הירדן לאחר שכבר יצאו ממנו [מצודת דוד], כאשר המיקום המדויק ללקיחת האבנים הוצג להם בהצבעת אצבע [מלבי"ם]. המילים מִזֶּה מִתּוֹךְ הַיַּרְדֵּן מורות כי היה עליהם לקחת את האבנים דווקא ממרכז הנהר, ולא מן השוליים או מהגדות [מלבי"ם]. יתרה מכך, האבנים נלקחו מִמַּצַּב רַגְלֵי הַכֹּהֲנִים הָכִין, כלומר מהמקום שבו עמדו רגלי הכהנים באופן יציב ואיתן [ביאור שטיינזלץ]. הפרשנים מדגישים כי האבנים נלקחו ממש מתחת לרגלי הכהנים, כאשר הללו הרימו את רגליהם כדי לאפשר את הוצאתן מהקרקעית [מצודת דוד, מלבי"ם].
נבחרו שְׁתֵּים עֶשְׂרֵה אֲבָנִים, אבן אחת עבור כל איש [ביאור שטיינזלץ]. הציווי וְהַעֲבַרְתֶּם אוֹתָם עִמָּכֶם טמן בחובו ייעוד היסטורי ודתי עמוק. לא היה מדובר רק בהעברת האבנים אל התחנה הראשונה שבה ילונו באותו הלילה כפי שניתן להבין מפשט הכתוב [ביאור שטיינזלץ], אלא בהגשמת ציוויו של משה רבנו. באותו היום שבו חצו את הירדן, נשאו האנשים את האבנים עד להר עיבל, שם בנו מהן מזבח שעליו נכתבו דברי התורה. רק לאחר שהעלו על המזבח עולות ושלמים, ואכלו ושתו מתוך שמחה, הם קיפלו ולקחו את האבנים עמם פעם נוספת, והביאו אותן אל הַמָּלוֹן, מקום הלינה הסופי שלהם בגלגל [רש"י].