חציית הירדן מונצחת לא רק באמצעות גל אבנים ביבשה, אלא גם על ידי הקמת גל-עד נוסף בתוך אפיק הנהר עצמו. המילים וּשְׁתֵּים עֶשְׂרֵה אֲבָנִים מתייחסות לשתים עשרה אבנים אחרות וחדשות, השונות מן האבנים שהוצאו מהנהר אל מחנה ישראל [רש"י, מצודת דוד, מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ].
באשר למקור ההוראה להצבת אבנים אלו, קיימת מחלוקת בין הפרשנים. יש הסבורים כי למרות שהדבר אינו כתוב במפורש, יהושע פעל בהכרח על פי ציווי של ה' [רד"ק]. לעומת זאת, דעה אחרת גורסת כי יהושע יזם זאת בעצמו וללא ציווי, מתוך רצון להוסיף אות נוסף בתוך הירדן שיקביל לאות שנעשה בגלגל [אברבנאל].
מיקומן של האבנים מתואר במילים תַּחַת מַצַּב, שפירושן "במקום" [מצודת ציון]. עם זאת, האבנים לא הונחו תחת רגלי הכהנים ממש, שהרי הם טרם זזו ממקומם, אלא בסמוך למקום עמידתם [רד"ק]. גישות אחרות מסבירות כי האבנים הונחו כתחליף ותמורה למקום שבו עמדו הכהנים [אברבנאל], או שהן הוצבו בדיוק באותו המקום לאחר שהאבנים הראשונות נשלפו מתחת לרגליהם [מלבי"ם].
מטרת הנחת האבנים בירדן מוסברת בכמה אופנים. יש המבארים כי המטרה הייתה לפרסם לעם שדווקא בסמוך למקום זה עמדו מי הירדן כנד [רלב"ג], ואחרים מביאים טעם מעשי – למנוע מרגלי הכהנים לשקוע בטיט [אברבנאל בשם רש"י]. מעבר לכך, פעולה זו נושאת משמעות סמלית עמוקה: בעוד ששתים עשרה האבנים שהוצאו מהירדן מסמלות את שבטי ישראל שעולים לארץ כדי להישאר בה, האבנים שהושלכו לתוך הירדן מסמלות את אומות העולם שיוצאו ויושליכו מן הארץ בתמורה אליהם [אברבנאל].
אופן הצבת האבנים נלמד מהמילה הֵקִים, המעידה על כך שיהושע לא סתם השליך אותן למים, אלא בנה מהן ציון גדול וגבוה הבולט מעל פני המים, כך שניתן יהיה לראותו מרחוק משפת הירדן [אברבנאל]. זאת בניגוד לגישה לפיה האבנים יצרו מעין גל בקרקעית הנהר שנשאר מכוסה תחת זרם המים [ביאור שטיינזלץ]. כך או כך, ציון זה נשאר שם עַד הַיּוֹם הַזֶּה – ביטוי שגור בדברי הנביאים שמשמעותו היא "לנצח", שכן כל קורא בכל דור יכול להגיד שהן שם עד לימיו [מצודת דוד].