לאחר שכל העם סיים לחצות את הנהר, נותרו הכהנים נושאי הארון לעמוד במקומם בתוך אפיק הנהר. כעת מגיע השלב המסיים של נס חציית הירדן, שבו הכהנים מקבלים את ההוראה לצאת מן המים.
הציווי צַוֵּה אֶת הַכֹּהֲנִים בא לפרש ולהשלים את מה שתואר מוקדם יותר בסיפור המעשה, ומבאר כיצד בדיוק סיימו הכהנים והארון את תפקידם בחצייה והלכו לפני העם [רש"י]. הסיבה לכך שנדרש ציווי מפורש מאת ה' כדי להוציא אותם משם, היא שקודם לכן ניתנה להם הוראה לעמוד בתוך הירדן. משום כך, לא הייתה להם רשות לצאת ממקומם על דעת עצמם ללא פקודה ישירה [מלבי"ם].
הפרשנים מתעכבים על בחירת המילים וְיַעֲלוּ מִן הַיַּרְדֵּן. הכתוב משתמש בפועל המציין עלייה ולא בפועל המציין מעבר, כדי להדגיש את הפעולה הפיזית של הטיפוס מתוך אפיק הנהר אל עבר השפה. קיימת הבחנה בין הפרשנים לגבי כיוון העלייה: בעוד שיש מי שמסביר כי העלייה פירושה טיפוס מתוך הירדן אל השפה המערבית של הנהר אל תוך היבשה [מלבי"ם], דעה אחרת מדייקת שהם עלו בחזרה אל השפה שסמוך אליה עמדו קודם לכן. על פי תפיסה זו, הכהנים עמדו לאורך כל זמן החצייה בקצה המים בצד המזרחי, ושם המתינו עד שכל ישראל עברו [רש"י].