יהושע מנחה קבוצה נבחרת של נציגי העם לשוב אל אפיק הנהר כדי להוציא ממנו אבני זיכרון. הציווי עִבְרוּ לִפְנֵי אֲרוֹן ה' אֱלֹהֵיכֶם אֶל תּוֹךְ הַיַּרְדֵּן נובע מכך שהעם כולו, ובהם גם האנשים הללו, כבר סיימו את החצייה ויצאו מן המים [מצודת דוד, רד"ק]. יהושע, שעבר אחרון כדי לנסוך ביטחון בעם, מצווה כעת על שנים עשר האנשים שהכין מראש להיכנס שוב אל הירדן ולהתקדם עד לפני הכהנים נושאי הארון [רש"י, רד"ק]. ההוראה הייתה לגשת אל עברו השני של הארון, וככל הנראה לקחת את האבנים ממש מתחת לרגלי הכהנים [מלבי"ם].
החזרה אל קרקעית הנהר בעוד חומת המים עומדת תלויה עלולה לעורר חשש, ולכן יהושע מדגיש שיעברו לפני ארון ה', כדי להרגיע אותם שכשם שכוחו של הארון כרת את המים בתחילה, כך כוחו יעכב אותם מלשוב וישמור עליהם כעת. בנוסף, הוא מבהיר להם שמדובר בפעולה מהירה שאינה דורשת חפירה אלא הרמה בלבד [אלשיך].
לגבי הפעולה עצמה, המילה וְהָרִימוּ משמעותה להגביה [מצודת ציון]. בעוד שהציווי האלוהי המקורי היה רק לקחת שתים עשרה אבנים, מה שהיה יכול להתפרש כנשיאה משותפת של אבנים כבדות במוטות, יהושע מפרט כאן שכל איש נדרש להרים ולשאת אבן אחת בעצמו על כתפו [מלבי"ם].
סך האבנים נועד להיות לְמִסְפַּר שִׁבְטֵי בְנֵי יִשְׂרָאֵל, ביטוי מדויק שנשמר בקפדנות במסורת הקריאה של המקרא [מנחת שי]. מספר זה נועד לייצג את העם כולו [ביאור שטיינזלץ], תוך הדגשה שכל שבט עומד כעניין שלם וייחודי בפני עצמו [מלבי"ם]. בחירתם של אנשים אלו למשימה אינה מקרית; בניגוד לשאר העם שהגיעו לירדן כשכבר היה יבש, אנשים אלו חזו במו עיניהם בפלא של כריתת המים מפני הארון. לכן, לקיחת האבנים על ידם נועדה לקבע את האות והנס עמוק בלבבם [אלשיך].