תבוסתו המוחלטת של הצבא הכנעני באה לידי ביטוי מובהק במנוסתו של המצביא הגדול. במקום להוביל את כוחותיו, הוא נותר חסר אונים ונאלץ להימלט על נפשו רגלית כדי לחפש מקלט.
סיסרא בחר שלא לנוס לכיוון חרושת הגויים יחד עם שאר מחנהו, שכן ברק וצבאו רדפו אחריהם והכו אותם. הוא הבין שאם יברח באותו נתיב הוא ייתפס בוודאות, ולכן בחר לברוח למקום אחר, קרוב יחסית לשדה הקרב, בתקווה שלא יבחינו בו והוא יוכל להסתתר שם עד שתחלוף סכנת המלחמה [רד"ק]. הוא שם את פעמיו אל אהל, כלומר פנה לצד האוהל [מצודת דוד] של יעל.
הבחירה באוהל יעל נבעה מהמצב המדיני, כי שלום – סיסרא סמך על ברית השלום שהייתה קיימת בין יבין מלך חצור לבין משפחת חבר הקיני, וקיווה למצוא שם מחסה [מצודת דוד]. טיבו של שלום זה שנוי במחלוקת: יש הסבורים כי מדובר היה בשלום קר בלבד [ביאור שטיינזלץ], בעוד אחרים מפרשים כי חבר הקיני היה למעשה משועבד ליבין ולסיסרא [אברבנאל].
הסתמכותו של סיסרא על ברית השלום מעוררת שאלה מוסרית ומדינית: כיצד יכלה יעל להפר את הברית ולהרוג את מי שביקש אצלה מקלט? על כך מציעים הפרשנים מספר תשובות. גישה אחת מסבירה כי ברית השלום נכרתה במקור עם הקינים שישבו במדבר יהודה. ברגע שחבר הקיני נפרד ממשפחתו ונדד צפונה, פקע ממנו החיוב לשמור על הברית [מלבי"ם]. יתרה מכך, משפחת הקיני התערבה והשתלבה בעם ישראל, עד כדי כך שיש ספק אם יעל עצמה הייתה קינית או מישראל [ביאור שטיינזלץ], ולכן אך טבעי היה שיילחמו את מלחמות ישראל ואלוהיו [מלבי"ם]. הסבר נוסף וייחודי טוען כי סיסרא ברח במכוון לאוהל האישה, שכן נשים היו פטורות מהסכמים פוליטיים ומדיניים, ולכן יעל לא הייתה מחויבת לברית של בעלה [מלבי"ם].
לבסוף, העובדה שסיסרא נס ברגליו אינה רק תיאור עובדתי של מסלול הבריחה, אלא פרט קריטי להמשך האירועים. המנוסה הרגלית הותירה אותו עייף ומותש לחלוטין, מה שתרם מאוחר יותר להירדמותו העמוקה, שממנה לא התעורר כאשר יעל הכתה אותו [אברבנאל].