הצבא שנאסף למלחמה עדיין גדול מדי, וה׳ דורש תהליך סינון שני ומעמיק יותר כדי לברור את הלוחמים הראויים ביותר. בעוד שהניפוי הראשון הרחיק את היראים והחרדים, הניפוי הנוכחי נועד לבחון את עולמם הרוחני של הנותרים.
כאשר ה׳ אומר עוֹד הָעָם רָב, הכוונה היא שהעם עדיין רב [ביאור שטיינזלץ]. עם זאת, יש כאן הבחנה דקה: הלוחמים שנותרו אינם בהכרח שותפים מלאים לכוונתו הטהורה של גדעון, ועדיין מעורבים בהם עובדי עבודה זרה [מלבי"ם]. לפיכך, ה׳ מצווה להוריד אותם אל המים בעין חרוד [ביאור שטיינזלץ], ומבטיח: וְאֶצְרְפֶנּוּ. רוב הפרשנים מסכימים כי מילה זו שאולה מעולם הצורפות, ומשמעותה זיקוק וטיהור, בדומה לצורף המפריד את הכסף הנקי מן הסיגים והפסולת.
מטרת הצירוף היא להפריד את הצדיקים מאלו שחטאו בעבודה זרה. המבחן על המים נועד לחשוף מי רגיל לכרוע על ברכיו לבעל. יתרה מכך, ישנה מסורת מדרשית לפיה באותם ימים היו אנשים שעבדו לבבואה ולצל של עצמם שהשתקפו במימי הנהר [רד"ק]. המבחן יברר מי ראוי ללכת לקרב מתוך אמונה שלמה וכוונות טהורות התואמות לאלו של גדעון [מלבי"ם].
בהמשך הפסוק, ה׳ מפרט את תוצאות המבחן בכפילות לכאורה: זֶה יֵלֵךְ אִתָּךְ ולעומתו זֶה לֹא יֵלֵךְ עִמָּךְ. כפילות זו נושאת משמעויות שונות. גישה אחת מסבירה כי מי שלא ייבחר, ממילא לא היה מחזיק מעמד במערכה; בהיעדר אמונה אמיתית, הוא היה נסוג לאחור ברגע שהיה רואה את פני המלחמה [מלבי"ם]. גישה אחרת מתמקדת בחשש האנושי של גדעון. גדעון עלול היה לחשוש ששילוח לוחמים לביתם בעל כורחם יעורר כעס, מריבה ותרעומת. לכן ה׳ מדגיש במילה הוּא לֹא יֵלֵךְ – כלומר, הלוחם שינופה ישוב לביתו מעצמו, מרצונו החופשי וללא כל הקפדה. ואכן, לא רק שהמנופים לא כעסו, אלא שהם אף העבירו בשמחה את הצידה והשופרות שלהם לידי הלוחמים שנבחרו להישאר [אלשיך].