מתן זכויות אכילת הקורבנות לכוהנים אינו רק הטבה חומרית, אלא מערכת של קדושה וגבולות. הכתוב מגדיר את התנאים המחמירים והמעמד המיוחד של קודשי הקודשים, אותם קורבנות המיוחדים לשם ה' שאינם נאכלים אלא לכוהנים, ויש בהם מעילה אם נהנים מהם שלא כדין, בניגוד לקודשים קלים [ברכת אשר על התורה]. חזרה זו על דיני האכילה שכבר הוזכרו בעבר נועדה לכרות ברית עולם עם אהרן הכוהן על שמירת כללים אלו [מזרחי, מלבי"ם].
ההוראה בְּקֹדֶשׁ הַקֳּדָשִׁים תֹּאכְלֶנּוּ מעוררת קושי מרכזי שעליו עמדו פרשנים רבים. המובן המילולי של המונח קודש הקודשים מתייחס למקום הארון, פנימה מן הפרוכת. אולם מקום זה אינו מיועד לאכילה ושתייה, ואיש אינו מורשה להיכנס אליו מלבד הכוהן הגדול ביום הכיפורים [רמב"ן, רבנו בחיי, הכתב והקבלה, גור אריה]. לאור זאת, התפתחו מספר גישות להבנת המילים:
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהפסוק מתייחס למיקום פיזי, והוא עזרת המשכן או המקדש. המונח קודש הקודשים מושאל כאן כדי לתאר את העזרה, שכן היא נחשבת קודש קודשים ביחס למקומות שקדושתם פחותה, כמו חצר המשכן או מחנה ישראל [חזקוני, אבן עזרא, ביאור יש"ר, גור אריה]. לפיכך, הכוונה היא שקורבנות אלו, כדוגמת מנחה, חטאת ואשם, ייאכלו אך ורק בתחומי העזרה, לפנים מן הקלעים [רש"י, ספורנו, שטיינזלץ, רש"ר הירש]. יש המוסיפים כי האות בי"ת במילה בקודש משמעותה סמוך, כלומר האכילה מתבצעת בעזרה הסמוכה לקודש הקודשים [הכתב והקבלה], ויש המדייקים כי בתוך מחנה השכינה עצמו ישנן מדרגות של קדושה, והשאיפה היא לאכול את הקורבן קרוב ככל האפשר למזבח [העמק דבר].
מנגד, פרשנים אחרים מציעים שהפסוק כלל אינו מציין מיקום גיאוגרפי, אלא מתאר את אופן האכילה. לפי פירוש זה, האות בי"ת משמשת לתיאור מצב, ולכן משמעות ההוראה היא שיש לאכול את הקורבנות מתוך קדושה חמורה ובכובד ראש, ולא לנהוג בהם בקלות דעת כפי שנוהגים בקודשים קלים [רמב"ן, רבנו בחיי, הטור הארוך, שפתי חכמים, נתינה לגר].
גישה שלישית וייחודית מפרשת את המילים כפשוטן, אך מייעדת אותן לשעת חירום בלבד. מסורת זו מלמדת שאם גויים צרו על המקדש והקיפו את העזרה באופן שלא ניתן לאכול בה, מותר לכוהנים להיכנס אל תוך ההיכל עצמו ולאכול שם את קודשי הקודשים, שכן ההיכל קדוש יותר מן העזרה [תורה תמימה, רלב"ג, צפנת פענח].
ההמשך כָּל זָכָר יֹאכַל אֹתוֹ קובע כי אכילת קורבנות אלו מוגבלת לכוהנים זכרים בלבד [רש"י]. זכות זו ניתנת גם לכוהן בעל מום הפסול מלעבוד על המזבח, אשר רשאי להיכנס לעזרה ולאכול מחלקו [העמק דבר]. כמו כן, מילים אלו מרחיבות את הדין ומלמדות שגם זבחי שלמי הציבור, שאינם מוזכרים כאן במפורש, נחשבים לקודשי קודשים ונאכלים רק לזכרי כהונה [תורה תמימה, רש"ר הירש].
לבסוף, המילים קֹדֶשׁ יִהְיֶה לָּךְ נועדו להרחיב את חובת הקדושה מעבר לבשר המיועד לאכילה. הפסוק מורה שגם חלקים שאינם ראויים למאכל, כגון עצמות, בשר שנפסל, בשר שנותר מעבר לזמנו או בשר שנטמא, חייבים להישמר בקדושתם ולהישרף במקום קדוש, ועל הכוהנים לנהוג בהם בכבוד הראוי [רלב"ג, צפנת פענח, מלבי"ם].