סוגיית האחריות האישית והענישה הבין דורית עומדת במוקד הדו שיח שבין ה' לבין העם. הנביא מתמודד עם מתח הגותי עמוק ומברר האם אדם יורש את חובותיהם הרוחניים של אבותיו, או שמא הוא נידון אך ורק על פי מעשיו שלו.
השאלה המרכזית העולה מן הכתוב היא מדוע הבן אינו נשא, כלומר אינו סובל ונושא במשא העונש [מצודת ציון], על חטאי אביו. הפרשנים חלוקים בהבנת המניע לשאלה זו, ומציגים שלוש זוויות שונות. הגישה המרכזית [רד"ק, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ] מסבירה כי העם מעלה טענה מתוך תחושת תסכול ומרירות. הם רואים את עצמם כמי שנענשים על חטאי דורות קודמים, ותמהים מדוע בן צדיק אינו סובל בעוון אביו, בעוד שהם חשים כי הם נושאים בעוונות אבותיהם. לעומת זאת, יש המפרשים [מלבי"ם] כי השאלה נובעת מתמיהה על חוקי הטבע: כשם שתכונות גוף ומחלות עוברות בירושה מאב לבן, מדוע שהפגמים הרוחניים והעוונות לא יעברו באותה הדרך? פרשנות נוספת [אברבנאל] גורסת כי הנביא עצמו מקדים ומעלה ספק אפשרי הנוגע לילדים קטנים. הרי קטנים, שאין להם זכויות או חובות משל עצמם, עשויים למות בעוון אבותיהם, ואם כן כיצד ניתן לומר באופן גורף שהבן אינו נושא בעוון האב?
תשובת ה' לשאלות אלו טמונה בחלקו השני של הכתוב, המדגיש את בחירתו של הבן בדרך הישר. כאשר נאמר על הבן כי את חוקות ה' שמר, הכוונה היא להקפדה על מצוות לא תעשה, ואילו המילה ויעשה מצביעה על קיום פעיל של מצוות עשה [רד"ק, מלבי"ם].
המענה האלוהי מתפצל ומשלים את עצמו בהתאם לגישות השונות שהוצגו. כלפי טענת העם על סבלם [רד"ק, מצודת דוד], התשובה היא שבן העושה משפט וצדקה אכן יחיה ולא ייענש על חטאי אביו. הסיבה שהדור הנוכחי סובל אינה רק בגלל אבותיהם, אלא משום שהם עצמם ממשיכים בדרך הקלוקלת. מכיוון שהם פשעו בעצמם, סאת העוונות התמלאה, והם נענשים על חטאיהם המצטרפים לחטאי אבותיהם. במענה לתמיהה על חוקי התורשה [מלבי"ם], ההסבר הוא שישנה הפרדה ברורה בין החומר לרוח: בעוד שפגמי הגוף אכן עוברים בירושה טבעית, הנפש היא ישות עצמאית ואינה יורשת את העוון הרוחני. ולגבי שאלת הילדים הקטנים [אברבנאל], התשובה מחדדת את ההבדל בין קטן לגדול. בעוד שילדים קטנים אכן עשויים להיפגע בגלל מעמד הוריהם, ברגע שהבן גדל, בוחר בטוב ועושה משפט וצדקה, הוא יוצא מכלל התלות באביו, נדון כאישיות עצמאית לחלוטין, וחיה יחיה.