הדיאלוג בין ה' לנביא מעמיד במרכזו את שאלת גבולות הקיום האנושי והיכולת לגבור על המוות. ה' מציב בפני יחזקאל שאלה נוקבת על גורלן של העצמות היבשות, והנביא משיב מתוך ענווה והכרה במוגבלות ההבנה האנושית.
השאלה הֲתִחְיֶינָה נפתחת בה"א השאלה [מצודת דוד], ומשמעותה הפשוטה היא: האם נראה בעיניך שאפשרי הדבר שעצמות אלו ישובו לחיות? [רש"י, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. רוב הפרשנים מבינים את השאלה כהתמודדות עם חוסר הסבירות הפיזית והטבעית של התחייה. לעומתם, מציג [אברבנאל] גישה שונה, לפיה השאלה אינה עוסקת בחוקי הטבע או ביכולתו הנסית של ה', אלא בזכות המוסרית: האם אנשים אלו ראויים לזכות בתחייה על פי מעשיהם?
זווית ייחודית נוספת עולה מתוך התייחסות למעמדו של יחזקאל ככהן, שאסור לו להיטמא למתים. לפי גישה זו, שאלת ה' נועדה לברר האם הנביא מאמין בוודאות מוחלטת שהעצמות יחיו, שכן רק ודאות כזו מתירה לו להיטמא להן, בדומה לדיני פיקוח נפש [חנוכת התורה].
בתשובתו אַתָּה יָדָעְתָּ, הנביא מודה כי על פי דרך הטבע אין מקום לתחייה, והדבר תלוי אך ורק ברצונו ובכוחו האינסופי של ה' [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. [מלבי"ם] מוסיף כי יחזקאל אמנם האמין בתחיית המתים, אך מצב העצמות הללו סתר את התנאים המקובלים שהכיר לתהליך זה, ולכן נאלץ להישען על דעתו של ה' בלבד.
בהמשך לשיטתו, מסביר [אברבנאל] כי הנביא משיב שה' הוא שיודע את מעשיהם של האנשים וקובע אם הם ראויים לנס. לחלופין, המילה יָדָעְתָּ מתפרשת כאן מלשון רחמים, כלומר: אתה ה' נוהג תמיד במידת הרחמים, ולכן סלח נא לעוונם של בני העם.
בהקשר ההלכתי, תשובת הנביא מבטאת אמונה שלמה ונטולת ספקות בדברי ה', הצהרה שמתירה לו הלכתית להמשיך לפעול בסביבת העצמות למרות היותו כהן [חנוכת התורה].