המדידה מתמקדת כעת בחדר הפנימי והמקודש ביותר במבנה. כאשר מבוצעת המדידה, מתברר כי אורכו ורוחבו של החדר הם עשרים אמה. הפרשנים מסכימים כי המילים אֶל־פְּנֵי הַהֵיכָל מלמדות שמידות החלל הפנימי מקבילות ותואמות בדיוק למידת רוחבו של ההיכל הסמוך, כפי שהיה בדביר שבנה שלמה המלך וכפי שהיה בבית המקדש השני.
המילים וַיֹּאמֶר אֵלַי מתייחסות למלאך המדבר עם הנביא ומדריך אותו [מצודת דוד]. בסיום המדידה מכריז המלאך: זֶה קֹדֶשׁ הַקֳּדָשִׁים. הכרזה זו אינה רק זיהוי של החדר, אלא נועדה לפתור ספק. בתקופת בית שני היה ספק לגבי מעמדו של חלל הקיר המפריד בין הקודש לקודש הקודשים, המכונה "אמה טרקסין", האם הוא שייך לחלק הפנימי או לחלק החיצוני. ההדגשה במילה "זה" באה ללמד שרק החלל המדויק של עשרים האמות הוא קודש הקודשים, ואילו שטח הכותל עצמו שייך לחלק החיצוני ואינו נחשב לקודש הקודשים [מלבי"ם].