התקדמות המדידה במקדש מגיעה אל סף המקום המקודש ביותר, תוך מעבר מן ההיכל אל עבר קודש הקודשים. המלאך המודד בוחן את ממדי הכניסה המדויקים של הפתח המפריד בין החללים.
כאשר נאמר וּבָא לִפְנִימָה, הכוונה היא שהמלאך נכנס אל מעבר למחיצה המפסקת, אל תוך קודש הקודשים, הנקרא גם דביר [רש"י, רד"ק, מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ, אברבנאל]. מעניין לציין כי המלאך נכנס פנימה לבדו ולא הכניס עמו את יחזקאל. אף על פי שמדובר במראה נבואי, חוקי המקדש נשמרים בקפידה, ומכיוון שרק הכהן הגדול רשאי להיכנס לקודש הקודשים ביום הכיפורים, יחזקאל נותר בחוץ [מצודת דוד].
במדידת אֵיל הַפֶּתַח שְׁתַּיִם אַמּוֹת, נחלקו המפרשים למה בדיוק מתייחסת המידה. גישה אחת מסבירה כי מדובר במזוזות הפתח, הנקראות אילים, שרוחב כל אחת מהן משני צדי הכניסה היה שתי אמות [רד"ק, אברבנאל]. מנגד, גישה אחרת מפרשת שזוהי מידת עוביו של הכותל המפריד בין ההיכל לקודש הקודשים. עובי זה של שתי אמות שונה ממידתה של "אמה טרקסין", שהיא המחיצה המוכרת מתיאורי מקדש אחרים שעוביה אמה אחת בלבד [רש"י, מלבי"ם, מצודת דוד].
המשך הפסוק מציג הבחנה בין וְהַפֶּתַח שֵׁשׁ אַמּוֹת לבין וְרֹחַב הַפֶּתַח שֶׁבַע אַמּוֹת. הפער הזה בין שש לשבע אמות זוכה לשלושה כיווני פרשנות מרכזיים:
הגישה הראשונה סבורה כי המידה של שש אמות מתייחסת לגובהו של הפתח, בעוד שבע האמות מתארות את רוחבו [רש"י, מצודת דוד].
הגישה השנייה מפרשת כי שש האמות מייצגות את עובי חלל הכניסה, ואילו שבע האמות הן מידת הרוחב [רד"ק, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ].
הגישה השלישית מציעה תיאור אדריכלי מורכב יותר, לפיו שבע האמות הן חלל הרוחב הכולל של הכניסה. עם זאת, הדלתות שסגרו את הכניסה היו ברוחב של שש אמות בלבד. האמה הנותרת לא נאטמה בדלת אלא כוסתה בפרוכת. בפתח זה הותקנו שתי מערכות של דלתות ופרוכות, פנימית וחיצונית, כאשר הפתחים הפנויים לא היו חופפים אלא מוקמו בצדדים נגדיים (צפון ודרום). מבנה זה תואם את צורת הכניסה בבית שני, שחייבה את הכהן הגדול להלך בין הפתחים ולפנות מצד לצד כדי להיכנס פנימה, ולכן הכתוב מציין את מידת הדלתות הסוגרות בנפרד ממידת החלל כולו [מלבי"ם].