בעקבות הגעת האיגרת המבקשת לברר את סמכותם של היהודים לבנות את המקדש, נפתחת חקירה רשמית בארכיוני הממלכה הפרסית. המילה בֵּאדַיִן מתורגמת כ"אז", ומתייחסת לרגע שבו הגיע המכתב לידיו של המלך [רש"י]. בעקבות זאת, המלך שָׂם טְעֵם, כלומר הוציא גזירה וציווה על קיום חקירה [רש"י, מצודת דוד]. בעוד שרוב הפרשנים מסכימים כי מדובר בדריוש כפי שמופיע בפסוק, רב סעדיה גאון מפרש כי הציווי ניתן על ידי המלך כורש.
הפקודה הייתה וּבַקַּרוּ, לחפש ולבדוק היטב בְּבֵית סִפְרַיָּא, שהוא בית הספרים והארכיונים של הממלכה, המקום דִּי גִנְזַיָּא, שבו היו שמורים גנזים, אוצרות המלך ואף גנזי ממון [רב סעדיה גאון]. המילה מְהַחֲתִין מתבארת כ"מונחים" או "מורידים", כלומר המקום שבו היו מפקידים ומורידים את האוצרות והמסמכים החשובים [אבן עזרא, רלב"ג, רש"י].
החיפוש נערך תחילה בְּבָבֶל, עובדה המעוררת שאלה, שכן בהמשך הכתובים מתברר שהמגילה נמצאה לבסוף במדי. המלבי"ם מסביר פער זה על רקע חילופי השלטון והבירות באימפריה. בתחילה, בבל הייתה עיר המלוכה, ושם הונחו כל ספרי הפקודות, כולל הצהרתו המקורית של כורש על בניין המקדש. בימי אחשורוש הועבר כס המלכות מבבל לשושן, ובאותה תקופה אבד המכתב המקורי בבבל. המלבי"ם מעלה את האפשרות שהמן האגגי, בהיותו המשנה למלך, השמיד במכוון את המסמך כדי לפגוע ביהודים ולעצור את הבנייה. עם זאת, בהשגחת ה', נשמרה מגילה קטנה בעיר הבירה שבמדי, ובה תקציר של פקודת כורש לזיכרון. מגילה זו נשמרה בספר הזכרונות של דברי הימים, מקום שלא הייתה להמן גישה אליו, וכך נתגלתה מחדש והובילה להמשך בניין המקדש.