הקינה מגיעה לשיא של כאב ותדהמה נוכח מותם של הלוחמים, ומתמקדת באובדן האישי והבלתי נתפס של יהונתן. החזרה על הקריאה אֵיךְ נָפְלוּ גִבֹּרִים אופיינית לסגנון הקינה, שבה המקונן כופל את דבריו כדי להביע את עומק צערו [מצודת דוד].
הביטוי בְּתוֹךְ הַמִּלְחָמָה מתפרש כמצביע על אופי נפילתם של הגיבורים בשדה הקרב. בניגוד ללוחמים שניסו להימלט ונפלו רק בשלבי הנסיגה, גיבוריו של יהונתן נהרגו ראשונים בעודם לוחמים באומץ בלב המערכה [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ]. מנגד, יש המסבירים כי עצם נפילתם בתוך המלחמה מעידה על כך שזמנם למות הגיע, והקרב היה רק האמצעי שדרכו התממש גורלם [אלשיך].
עיקר הפליאה בפסוק מופנית כלפי מותו של יהונתן, עַל בָּמוֹתֶיךָ חָלָל. המילה "במותיך" מכוונת להר, המהווה את מקום מבצרו ונקודת החוזק של הלוחם [רש"י, רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. הפרשנים מצביעים על הפרדוקס הצבאי הבולט בנפילה זו: בדרך כלל, גם לוחם חלש זוכה ליתרון אסטרטגי משמעותי כשהוא נלחם מעמדה גבוהה בהר. קל וחומר כאשר מדובר בגיבור כיהונתן, הנלחם בשטח הררי שאת מוצאיו ומבואותיו הוא מכיר היטב. לפיכך, נפילתו כחלל בנסיבות אלו מעוררת תמיהה עצומה ונתפסת כפלא [מצודת דוד, רלב"ג].
מעבר לתמיהה הצבאית, הפליאה היא גם רוחנית, שכן יהונתן נפל אף על פי שהיה אדם שלם וללא חטא [אלשיך]. גישה ציורית יותר מציעה כי המילים מתארות את יהונתן נופל חלל על גבי גופותיהם של גיבוריו, שמסרו את נפשם יחד עמו בקרב [מלבי"ם].