קינת דוד מגיעה לשיאה האינטימי והמרגש ביותר, כאשר הוא עובר מאבל לאומי על נפילת המלך והגיבורים, לכאב אישי עמוק על אובדן חברו הקרוב. המילים מבטאות קשר נדיר שחוצה את גבולות הטבע האנושי הרגיל.
דוד פותח במילים צַר לִי עָלֶיךָ, המבטאות דאגה ומצוקה עמוקה על האובדן [מצודת דוד, מצודת ציון]. הוא קורא לו אָחִי, שכן יהונתן היה חביב עליו כאח ביולוגי ושררה ביניהם אחוות אמת [מצודת ציון, אלשיך]. המילים נָעַמְתָּ לִּי מְאֹד מתארות את טוב לבו של יהונתן ואת העובדה שהיה נעים ונאות במיוחד לדוד [מצודת דוד, אלשיך].
בניגוד לפסוקים הקודמים בהם מוזכר כי בנות ישראל יבכו על שאול בשל ההטבות החומריות והבגדים שהעניק להן, בכי זה של דוד נובע מאהבה עצמית וטהורה, שאינה תלויה בדבר אלא בטובו ובצדקתו של יהונתן [מלבי"ם]. חברות אמת ניכרת בלבבות, ועצם הצער העמוק שדוד חווה מעיד על כך שלבו של יהונתן היה שלם עמו לחלוטין [אלשיך].
המילה נִפְלְאַתָה מתארת דבר פלאי, תמוה וקשה להשגה [מצודת ציון]. הכפלת אותיות הנקבה במילה זו נועדה להעצים ולחזק את פליאתה של אותה אהבה [רד"ק].
מוקד הפסוק הוא הקביעה שאהבה זו גדולה מֵאַהֲבַת נָשִׁים. הפרשנים מציעים מספר רבדים להבנת השוואה זו. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שאהבת יהונתן הייתה חזקה, רגשית ועוצמתית הרבה יותר מהאהבה העזה שחשות נשים כלפי בעליהן, אהוביהן או אפילו ילדיהן [מצודת דוד, רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. זוהי אהבה שגוברת אפילו על מסירות של אישה שלא מרפה מאהובה גם אם הוא פוגע בה [רלב"ג], והיא מתעלה מעל אהבה שתלויה בהנאה או בתועלת [מלבי"ם].
מעבר לעוצמת הרגש, ייחודה של אהבה זו מתבטא בעמידתה במבחנים שאהבת נשים עלולה להישבר בהם. בעוד שאהבת אישה לבעלה עשויה להיפגם בעת ייסורי הלידה, אהבתו של יהונתן לדוד רק התעצמה לנוכח ה"חבלים" והייסורים שספג מאביו שאול, עד כדי סכנת חיים של ממש [אלשיך].
פלא נוסף טמון בהתגברות על יריבות טבעית. דרכן של שתי נשים הנשואות לאותו איש לשנוא זו את זו, ובוודאי שאינן יכולות לאהוב כאשר האחת תופסת את מקומה של השנייה. דוד ויהונתן היו במצב דומה: יהונתן היה בן המלך ויורש העצר, ודוד נכנס לתחומו כדי לרשת את המלוכה במקומו. למרות זאת, יהונתן ויתר מרצונו על המלכות, הסכים להיות משנה לדוד, והמשיך לאהוב אותו אהבת נפש. אהבה כזו, שמתקיימת למרות אובדן המעמד והחלפת התפקידים, היא תופעה חריגה שאינה קיימת באהבת נשים [אלשיך].
לצד פירושים אלו, יש המבארים את הביטוי מֵאַהֲבַת נָשִׁים כהתייחסות ספציפית לנשותיו של דוד, מיכל ואביגיל, שאהבו אותו והצילו את חייו, אך אהבתו ומסירותו של יהונתן עלו אף עליהן [רד"ק, אלשיך].