במעמד פרטי ומפתיע, הרחק מעיני העם, מושח שמואל את שאול הצעיר, שלא הכין עצמו כלל למלוכה וכלל לא חשב על כך, לתפקידו הרם [ביאור שטיינזלץ].
שמואל לוקח את פך השמן, כלי קיבול קטן [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ], ויוצק אותו על ראשו של שאול. הפרשנים מסכימים כי השמן שבו נמשח שאול לא היה שמן המשחה הקדוש שבו נמשחו מלכי בית דוד, אלא שמן אפרסמון. כמו כן, השימוש בפך ולא בקרן של בעל חיים טומן בחובו סמליות עמוקה: בעוד משיחה בקרן מסמלת מלכות נצחית ועוברת בירושה, כפי שהיה אצל דוד ושלמה, המשיחה בפך מסמלת מלכות זמנית שלא תמשיך לזרעו של שאול [רד"ק, אלשיך, אברבנאל, מלבי"ם].
לאחר יציקת השמן, התרחש מעשה חריג: וישקהו. שמואל נושק לשאול, פעולה שלא מצינו שנעשתה בעת משיחת דוד. פעולה זו נועדה ליצור חיבור רוחני עמוק של "הידבקות רוח ברוח". מכיוון ששאול נמשח בשמן אפרסמון רגיל ולא בשמן המשחה שמשפיע קדושה מעצם מהותו, נזקק שמואל לנשק לשאול כדי להשלים את החסר ולהשפיע עליו שפע רוחני, גבורה והכנה לנבואה, שירוממו אותו מעל שאר העם ויכשירו אותו להנהגה [מלבי"ם, אלשיך]. נשיקה זו נחשבת במסורת המדרשית לאחת מהנשיקות הראויות והחיוביות, ומוגדרת כ"נשיקה של גדולה", בדומה לנשיקות של פגישה, פרידה וקרבת משפחה [רד"ק, אברבנאל].
שמואל פונה לשאול במילה הלא, מילה שנועדה לחזק, לזרז ולאמת את הדבר [מצודת דוד, רד"ק], ולהבהיר כי המינוי נגזר מאת ה' [אברבנאל]. הוא ממנה אותו לנגיד. הבחירה בתואר "נגיד" ולא "מלך" מדגישה שוב את אופייה הזמני של הנהגת שאול. המלכות האמיתית והנצחית שמורה לשבט יהודה, ואילו שאול משבט בנימין ממונה כעת רק כמנהיג זמני על עם ישראל, שהוא נחלתו של ה' ולא נחלתו הפרטית של שאול [מלבי"ם, אלשיך].
מדוע התבצעה משיחה גורלית זו בסתר ולא בפרהסיה? הסיבה המרכזית היא ששמואל ידע כי בהמשך יתקיים גורל פומבי לבחירת המלך. לו הייתה המשיחה ידועה לכל, העם היה עלול לחשוד ששמואל היטה את הגורל במרמה לטובת האיש שכבר משח [מלבי"ם, אברבנאל]. בנוסף, המשיחה החשאית נועדה להפוך את שאול לאיש אחר ולהעניק לו את רוח ה' ואת כוח הנבואה, שבהם לא התנסה מעולם, כדי שיאמין בעצמו ויהיה מוכן לתפקידו בטרם ייחשף לעיני הציבור [רלב"ג, אברבנאל].