רגע הפרידה בשילה מסמן את תחילת דרכו העצמאית של שמואל. בעוד שהמשפחה חוזרת לשגרת חייה, הנער הצעיר נשאר במשכן כדי לסלול את נתיבו הרוחני תחת חסותו של הכהן הגדול.
הכתוב מציין כי אלקנה הלך עַל בֵּיתוֹ. רוב הפרשנים מסכימים כי המשמעות המילולית היא פשוט אל ביתו [מצודת ציון, רלב"ג, רד"ק], ויש המוסיפים שהכוונה היא ששב לדרכו יחד עם אשתו חנה [ביאור שטיינזלץ]. עם זאת, יש המפרשים צירוף זה במשמעות של חזרה לעסוק בענייני וצורכי הבית. אלקנה ראה ששמואל מצליח בלימודו ומתמיד בו, ולכן הרגיש בטוח להשאירו שם ולשוב לטפל בעסקי משפחתו [אלשיך, רלב"ג].
באשר לשמואל, הכתוב מתאר כי וְהַנַּעַר הָיָה מְשָׁרֵת אֶת ה'. מפאת גילו הצעיר, שמואל עדיין לא יכול היה לבצע עבודות משמעותיות, ולכן שירותו התבטא בעיקר בסיוע לעלי בפעולות עזר שונות [ביאור שטיינזלץ]. אולם, מהות השירות הייתה עמוקה וחינוכית יותר. מאחר שהוריו עזבו אותו למען ה', עלי הכהן נכנס למעשה בנעליו של האב, ולקח על עצמו לחנך את שמואל, ללמדו ולהדריכו בדרכי התורה ועבודת ה' [מלבי"ם, רלב"ג, רד"ק, מצודת דוד]. מאחר שבנערותו עדיין לא הבין לעומק את ענייני האלוהות, שירותו בפועל היה מופנה כלפי עלי, אך התכלית הסופית של שירות זה הייתה עבודת ה' [אברבנאל].
הפרשנים מתעכבים על הצירוף אֶת פְּנֵי עֵלִי, שמשמעותו הפשוטה היא "לפני עלי" [מצודת דוד, רד"ק], ומצביעים על הקשר ההדוק שבין שירות ה' לשירותו של הכהן. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא ששימוש תלמידי חכמים משול לשימוש השכינה. כאשר שמואל עמד לפני עלי בענווה וביראה כדי ללמוד ממנו, הדבר נחשב לו כאילו שירת את ה' בעצמו [רש"י, מלבי"ם, אברבנאל, חומת אנך]. מעבר לכך, יש המדגישים כי פניו של אדם צדיק מקרינים את קדושת השכינה. לכן, כאשר שמואל שהה במחיצת עלי והסתכל בפניו מתוך מטרה ללמוד תורה לשמה, הוא למעשה דבק בה' וזכה לסיוע רוחני בהבנת התורה לאמיתה [אלשיך, חומת אנך].