במשכן שילה מתחוללת טרגדיה של מנהיגות. הכהן הגדול בא בימים, ובניו, שאמורים להמשיך את דרכו בקדושה, מנצלים את מעמדם לרעה ומשחיתים את עבודת הקודש. הכתוב פותח בתיאור מצבו הפיזי של האב, ועלי זקן מאד, כדי להסביר מדוע לא מנע את המעשים. מחמת גילו המופלג וחולשתו, עלי הגיע לשלב של רעד פיזי שמנע ממנו לשרת בקודש בעצמו, ולכן לא נכח תמיד במשכן ולא ראה את הנעשה במו עיניו [רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. זקנתו גם משמשת כהצדקה לכך שלא ייסר את בניו ביד קשה, שכן היה חלש מכדי להתמודד עם בנים בוגרים וחזקים [מצודת דוד, אברבנאל]. בנוסף, העם נמנע מלהתלונן בפניו ישירות כדי לא לצער אדם זקן ולפגוע בבריאותו, ולכן השמועות על צעקות ומריבות הגיעו לאוזניו רק בעקיפין [ביאור שטיינזלץ, אלשיך].
עלי שומע על שני חטאים מרכזיים. הראשון נוגע לכלל העם, לכל ישראל, והוא לקיחת בשר הקורבנות בכוח ובחזקה [מצודת דוד, רלב"ג]. החטא השני נוגע ליחסם אל הנשים הצובאות פתח אהל מועד. המילה הצובאות נגזרת מהמילה צבא, ומתארת התאספות המונית של נשים רבות [מצודת ציון, רד"ק]. נשים אלו היו יולדות או זבות שהגיעו למשכן כדי להקריב את קורבנותיהן ולהיטהר, או נשים שבאו להתפלל, והן המתינו פתח אהל מועד, מחוץ למבנה המשכן, שכן נשים לא נכנסו לתוכו [רד"ק, אברבנאל].
באשר למהות החטא כלפי אותן נשים, המילים ואת אשר ישכבון מעוררות מחלוקת עמוקה. הגישה הראשונה, הנשענת על פשט הכתוב, גורסת כי בני עלי אכן חטאו בגילוי עריות של ממש [רש"י, רד"ק, אברבנאל]. מנגד, גישה מרכזית בקרב רוב הפרשנים שוללת את ההבנה המילולית. ההוכחה המרכזית לכך היא שהנביא שבא להוכיח את עלי בהמשך, מאשים את בניו רק בביזוי הקורבנות ולא מזכיר כלל חטא חמור של גילוי עריות [רלב"ג, מלבי"ם]. לפיכך, מפרשים אלו מסבירים כי החטא היה מנהלי ומוסרי: בני עלי התעצלו בעבודתם והשהו את הקרבת קורבנות הנשים. כתוצאה מכך, הנשים נאלצו ללון במשכן ולא יכלו לשוב לבתיהן ולבעליהן. בשל עיכוב זה, שמנע מהן לקיים מצוות פריה ורביה, הכתוב מחשיב זאת לבני עלי כאילו שכבו עמן בעצמם [רש"י, מצודת דוד, רלב"ג, אברבנאל]. חיזוק לגישה זו נמצא בכך שניתן לקרוא את המילה ישכבון במשמעות של "משכיבים", כלומר שבני עלי אילצו את הנשים לשכב לישון במקום [מצודת ציון, מנחת שי].
זווית נוספת לאירוע מציעה כי העיכוב בהקרבת הקורבנות יצר צפיפות רבה של גברים ונשים שנאלצו ללון יחד מחוץ למשכן ללא השגחה ראויה, מה שהוביל את בני ישראל עצמם להיכשל בחטאי פריצות, ובני עלי אשמים בכך שגרמו למכשול זה [מלבי"ם]. כמו כן, ישנה דעה במסורת המסייגת את אשמתם של שני הבנים, וטוענת כי פנחס כלל לא חטא במעשים אלו, אך הכתוב מייחס לו את העוון משום שלא מחה באחיו חפני שעשה זאת [אברבנאל].