אכילת בשר קודשים היא אקט של התקרבות לה', ולכן התורה מציבה גבולות נוקשים המפרידים בין הקדושה לבין מצב של טומאה. הפסוק מגדיר את העונש החמור המוטל על אדם הניגש לאכול מבשר הקורבן בעודו טמא, ובכך מחלל את קדושת המקדש וקודשיו.
במוקד הדיון הפרשני עומד הצירוף וְטֻמְאָתוֹ עָלָיו. הפרשנים מצביעים על קושי לשוני בפסוק: הפסוק פותח בלשון נקבה ("והנפש אשר תאכל"), עובר ללשון זכר ("וטומאתו"), ומסיים שוב בלשון נקבה ("ונכרתה"). חילוף זה מעלה את השאלה האם הטומאה מתייחסת לבשר (זכר) או לנפש האוכלת. הקונצנזוס בקרב רוב הפרשנים הוא שהכתוב מדבר בטומאת הגוף של האדם האוכל, ולא בטומאת הבשר [רש"י, מלבי"ם, אור החיים]. הוכחה נוספת לכך נלמדת מהמילה עָלָיו, המעידה על טומאה חיצונית וזמנית שניתן להסירה. מצב כזה מתקיים רק באדם טמא שיכול להיטהר על ידי טבילה במקווה, בניגוד לבשר טמא שאין לו לעולם טהרה מידי טומאתו [מזרחי, תורה תמימה, ברכת אשר, גור אריה].
יש מהפרשנים המדייקים כי צירוף זה מתייחס ספציפית לטומאה היוצאת מגופו של האדם עצמו, כגון זב או מצורע, בעוד טומאה המגיעה ממקור חיצוני נידונה בפסוק העוקב [אבן עזרא, חזקוני, העמק דבר, ביאור ישר]. בנוסף, המילים וְטֻמְאָתוֹ עָלָיו מלמדות שגם אם עברו ימי הטומאה הנדרשים, כל עוד האדם לא טבל בפועל, הטומאה נחשבת כמעין מסווה החופף עליו, והוא עדיין חייב בעונש החמור [אור החיים, העמק דבר].
אף על פי שהפסוק מציין במפורש את עונש הכרת, הכלל ההלכתי קובע שאין עונשים מבלי שהתורה תזהיר קודם לכן מפני המעשה. הפרשנים מסבירים כי האזהרה לאכילת קודשים בטומאה נלמדת מגזירה שווה מפרשת חוקת, שם נכתב ביטוי דומה לגבי אדם הנכנס למקדש בטומאה, ומכאן שהתורה מזהירה ועונשת בשני המקרים באופן שווה [רש"י, מזרחי, שפתי חכמים].
השימוש במילה וְהַנֶּפֶשׁ אינו מקרי, והוא בא ללמד שהעונש חל רק על מי שפעל מתוך מודעות וידיעה. כלומר, האדם ידע שהוא טמא וידע שהוא אוכל בשר קודש, מה שמוציא מכלל עונש אדם שאכל בטעות, בשוגג או באונס [אור החיים, תורה תמימה, אדרת אליהו]. המילה הַהִוא הכתובה בלשון נקבה, באה להדגיש שגם נשים כלולות בעונש זה במידה שווה [שפתי כהן], בעוד שהמונח "נפש" בא למעט ציבור שלם, שכן עונש כרת חל על יחידים ולא על עדה שלמה [תורה תמימה, פרדס יוסף].
הפרשנים בוחנים מדוע התורה בחרה לציין דווקא מִזֶּבַח הַשְּׁלָמִים, שהרי האיסור תקף לכלל הקורבנות. התשובה לכך נעוצה במידה שהתורה נדרשת בה של "דבר שהיה בכלל ויצא מן הכלל ללמד". קורבן השלמים משמש כאן כאב טיפוס המלמד על הכלל כולו: כשם שקורבן שלמים מיועד למזבח, כך איסור אכילה בטומאה חל על כל "קודשי מזבח" (קורבנות), אך הוא מוציא מכלל זה את "קודשי בדק הבית" – רכוש וחפצים שהוקדשו לצורך תחזוקת המקדש בלבד, שעליהם אין עונש כרת בטומאה [רש"י, תורה תמימה, ריב"א, אדרת אליהו]. הצירוף אֲשֶׁר לַה' מרחיב את האיסור כך שיכלול לא רק את הבשר המותר באכילה, אלא גם את חלקי הקורבן המיועדים להישרף על המזבח עבור ה', ואף בשר שנפסל משום שנותר מעבר לזמן המותר או שיצא מחוץ לגבולות המקדש [תורה תמימה, אדרת אליהו].