חתימת פרשת הקרבנות מעגנת את הציווי האלוהי במרחב ובזמן, ומשקפת את המעבר מההתגלות הראשונית להוצאה לפועל של עבודת המשכן. הפסוק מעורר מתח גיאוגרפי וכרונולוגי כאשר הוא מציין שתי זירות התרחשות שונות לכאורה: הר סיני ומדבר סיני.
הפרשנים מציגים שתי גישות מרכזיות ליישוב כפילות זו. הגישה הראשונה מבחינה בין שני שלבים שונים של מסירת התורה: בְּהַר סִינָי ניתנו כללי המצוות ופרטיהן, ואילו בְּמִדְבַּר סִינָי נשנו ההלכות פעם נוספת באוהל מועד כציווי מעשי לקראת הקמת המשכן [ביאור יש"ר, העמק דבר]. המלבי"ם מדגיש כי אלו שני זמנים ומקומות נפרדים, והציווי השני במדבר ניתן ביום שבו נדרשו ישראל להתחיל להקריב בפועל. מנגד, הגישה השנייה על דרך הפשט גורסת כי שני המונחים מתייחסים לאותו מרחב בדיוק. הצירוף בְּהַר סִינָי משמעותו למרגלות ההר או סמוך לו, שכן המשכן הוקם במדבר מול ההר, ושם החלה העבודה המעשית [רמב"ן, טור הארוך, רבנו בחיי].
הדגשת הכתוב במילים בְּיוֹם צַוֹּתוֹ (ביום שבו ציווה) מלמדת כי דיני הקרבנות קיבלו תוקף מעשי וחוקי רק עם הקמת המשכן [העמק דבר, הופמן]. מעבר לכך, המילה "ביום" משמשת מקור להלכה מרכזית בדיני קודשים: כל עבודות הקרבן, כגון שחיטה, קבלת הדם, זריקה והקטרה, כשרות אך ורק בשעות היום ולא בלילה [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו]. כמו כן, נלמד מכאן שגם הדיבור האלוהי למשה באוהל מועד התרחש ביום בלבד [מלבי"ם, אדרת אליהו]. באותם ימי מילואים שבהם החלה העבודה, שימש משה רבנו עצמו ככוהן זמני שלבש חלוק פשתן לבן, וריכז בידיו את כל תפקידי ההנהגה – נביא, נשיא בית דין, כוהן ומלך, עד שהעביר את הכהונה לאהרן ולבניו [שטיינזלץ].
המילים לְהַקְרִיב אֶת קָרְבְּנֵיהֶם מציפות עובדה היסטורית הראויה לציון: לאורך כל ארבעים שנות הנדודים במדבר, בני ישראל לא הקריבו קרבנות כלל, למעט בשנה שבה חנו למרגלות הר סיני [אבן עזרא, חזקוני, הופמן]. עובדה זו מסבירה את תוכחת הנביא עמוס, שתמה האם ישראל אכן הגישו זבחים ומנחות במדבר ארבעים שנה.
קביעת הפסוק כי ה' הוא שציווה על הקרבנות, מעלה סתירה לכאורה מול דברי הנביא ירמיהו, שהכריז בשם ה': "כִּי לֹא דִבַּרְתִּי אֶת אֲבוֹתֵיכֶם וְלֹא צִוִּיתִים... עַל דִּבְרֵי עוֹלָה וָזָבַח". הפרשנים מסכימים כי הקרבנות אכן צווו על ידי ה', אך הם מהווים מעין מצווה מותנית, שניתנה כחסד וככפרה משום שאין אדם שניצול מחטא [רבנו בחיי, תולדות יצחק, פרדס יוסף]. הרצון האלוהי האידיאלי הוא שהאדם ישמע בקול ה' ולא יחטא כלל, וממילא לא יזדקק לקרבן. כוונת הנביאים הייתה שה' מעולם לא ציווה על הבאת קרבן כשלעצמו, במנותק מציות מוסרי ורוחני. הבאת זבח תוך כדי המשך עשיית רע אינה רצויה, וקרבנו של רשע נחשב לתועבה וכעבירה חמורה, ממש כאילו שחט אדם או הקריב כלב וחזיר, שהם חיות טמאות שיש בהן סממני טהרה חיצוניים בלבד [רבנו בחיי, תולדות יצחק, צאינה וראינה, הופמן].
לבסוף, אזכורו של מדבר סיני רומז גם לגישה הנפשית הנדרשת מביא הקרבן. כשם שהתורה ניתנה על הר סיני המסמל נמיכות ופשטות, כך על האדם לגשת לעבודת ה' בענווה. מי שדעתו שפלה עליו, נחשב הדבר כאילו הקריב את כל הקרבנות כולם [חומת אנך].