שעת משבר עמוקה מגיעה לשיאה כאשר מים פורצים מתוך האבן היבשה כדי להרוות את צמאונו של עם שלם. אירוע זה, שנועד להיות נס גלוי, נשזר במתח רב, בטעויות אנושיות ובהקפדה אלוהית מדוקדקת.
כאשר משה ניגש אל המשימה, הוא מרים את ידו ובוחר להשתמש במטה. וַיַּךְ אֶת־הַסֶּלַע בְּמַטֵּהוּ – מדוע בחר משה להכות במקום לדבר אל הסלע כפי שנצטווה? יש המסבירים כי משה פעל מתוך הרגל, והשתמש במטה שבו היה רגיל לעשות את האותות בעבר [מלבי"ם]. אולם, הגישה המרכזית בקרב הפרשנים תולה את המעשה בכעסו של משה. הכעס עיוור את שיקול דעתו והוביל אותו לכלל טעות [שפתי חכמים, משכיל לדוד]. יתרה מכך, חטא גורר חטא: לאחר שמשה ואהרן ייחסו את הנס לעצמם באמרם "נוציא לכם מים", הוביל אותם פגם זה להיכשל גם במעשה ההכאה עצמו [אדרת אליהו]. בתוך סערת הרגשות הזו, נוצר פער בין משה לאהרן. משה כעס, וכתוצאה מכך הקשה על הופעת הנס, אך אהרן שמר על קור רוח ויושרה. המים יצאו בסופו של דבר גם בזכות כוונתו הטהורה של אהרן, אך מאחר שהעם ראה את משה בכעסו, הם טעו לחשוב שמדובר בפעולת קסם ולא בנס אלוהי, מה שגרם לחילול ה' [חתם סופר].
המילה פַּעֲמָיִם מעוררת דיון רחב בקרב המפרשים. הפירוש המקובל הוא שמשה הכה פעמיים משום שבהכאה הראשונה יצאו רק טיפות מועטות. הסיבה לכך הייתה שרשרת של אי-הבנות: משה ואהרן דיברו תחילה אל סלע אחר, וכאשר זה לא הוציא מים, הם חשבו שעליהם לחזור לשיטה הישנה ממצרים ולהכות בסלע הנכון שהזדמן להם [רש"י, חזקוני, ריב"א]. בלבול זה גבר משום שהסלע המיועד נבלע והסתתר בין שאר הסלעים כדי להגדיל את הנס [פענח רזא]. כאשר יצאו רק טיפות, העם החל ללעוג ולשאול האם המים הללו נועדו לתינוקות יונקים, מה שהגביר את כעסו של משה וגרם לו להכות שוב בעוצמה [מזרחי].
גישות אחרות מציעות מניעים שונים למספר ההכאות. יש שרואים בהכאה הכפולה ביטוי לכעס, כאדם המלא חימה שעושה פעולה מיותרת וחוזר עליה ללא צורך [ביאור יש"ר], בעוד אחרים רואים בכך דווקא זריזות של עבד הממהר לבצע את שליחות אדונו [אור החיים]. מבחינה טבעית, ההכאה הראשונה הוציאה את כמות המים המועטת שהייתה בסלע בדרך הטבע, וההכאה השנייה נדרשה כדי לשנות את טבע הסלע ולהפיק שפע עצום עבור כל הקהל [העמק דבר]. פירוש ייחודי נוסף טוען כי המילה אינה מציינת שתי הכאות רצופות כעת, אלא שזוהי ה"פעם השנייה" בהיסטוריה שמשה מכה צור, כהמשך להכאה הראשונה בחורב [הכתב והקבלה].
בעקבות ההכאה וַיֵּצְאוּ מַיִם רַבִּים. המים פרצו ממרכז הסלע ממש, כדי שהעם לא יטעה לחשוב שישנה באר נסתרת תחתיו [צאינה וראינה]. עוצמת הנס הייתה כה גדולה, עד שבאותו רגע נבקעו כל הצורים במדבר [קיצור בעל הטורים]. עם זאת, מאחר שמשה לא הבהיר במפורש שמדובר בנס אלוהי, היו מבין בני ישראל שטענו כי מדובר בתופעת טבע מקרית ושסלעים רבים נובעים מים [בכור שור, פענח רזא]. יש שאף מסבירים שההכאה פשוט פתחה את פי המעיין הטבעי שהיה אגור בתוך הסלע, והמים יצאו כדרך הטבע [מלבי"ם]. על פי גישה נוספת, לאחר שההכאה הראשונה נכשלה בשל הפרת ציווי ה', משה התפלל, וה' נענה לו והוציא מים רבים כדי שמשה לא יתבייש ועל מנת למנוע חילול ה' בעיני העם שאולי היו חושבים שהדבר נמנע מחוסר יכולת אלוהית [רלב"ג].
לבסוף, וַתֵּשְׁתְּ הָעֵדָה וּבְעִירָם – העם כולו שתה, וכן בהמותיהם. התכנון המקורי היה שמשה ישקה את העם במו ידיו כדי להדגיש את גודל הנס, אך הצמא הכבד גרם לאנשים למהר ולשתות בעצמם [צאינה וראינה]. סדר הדברים בפסוק מעורר שאלה: מדוע בני האדם שתו לפני הבהמות, בניגוד לכלל שלפיו אדם מצווה להאכיל את בהמתו לפני שהוא אוכל? התשובה טמונה בהבדל שבין אכילה לשתייה. בעוד שאדם עשוי לאכול גם כשאינו רעב במיוחד, השתייה נובעת מצמא שגורם לצער גופני ממשי. במצב של סבל וצער גוף, הקלת סבלו של האדם קודמת לזו של הבהמה [ברכת אשר על התורה].