הסתלקותה של דמות מנהיגה מותירה אחריה חלל, אשר לעיתים מתגלה במלוא עוצמתו דווקא דרך משבר פיזי ורוחני של האומה. הפסוק פותח במילים וְלֹא הָיָה מַיִם לָעֵדָה, מיד לאחר תיאור מותה של מרים. סמיכות זו מובילה את רוב הפרשנים למסקנה כי הבאר הנסית, שליוותה את בני ישראל וסיפקה את צרכיהם במשך ארבעים שנות הנדודים במדבר, ניתנה להם בזכותה של מרים. עם פטירתה – פסק השפע והבאר הסתלקה.
הפרשנים מציעים מספר טעמים לכך שזכות המים ניתנה דווקא למרים. גישה אחת מסבירה כי הדבר קרה בזכות המתנתה על שפת יאור מצרים, כשעמדה מרחוק לראות מה יעלה בגורלו של משה התינוק בתיבה [רבנו בחיי, שפתי חכמים]. גישה אחרת מתבוננת לאחור אל אברהם אבינו; אמנם אברהם זכה למים עבור זרעו בזכות שהגיש מים למלאכים, אך זכות זו לבדה הייתה מספיקה לשעה קלה בלבד. אברהם זכה שממנו תצא מרים, ובזכותה האישית והמתמשכת נבעה הבאר לאורך כל ארבעים השנה [תורה תמימה]. במבט רעיוני יותר, מרים הייתה זו שדאגה להמשכיות הדורות כשהצילה את ילדי ישראל במצרים ועודדה את הילודה. כשם שהמים מאפשרים לגוף לספוג את המזון, כך פועלה של מרים אפשר לעם לספוג את התורה ולהעבירה הלאה, ולכן הבאר התקיימה בזכותה. משמתה, נדרש משה להיכנס לתפקידה ולדאוג להשפעה זו [חומש קה"ת]. בנוסף, האישה נמשלת לבאר שופעת של חסד וצדקה, ואין זה מקרה שהאבות ומשה פגשו את נשותיהם דווקא על יד הבאר [צאינה וראינה].
הסתלקות המים מתפרשת על ידי חלק מהמקורות גם כעונש חינוכי לישראל. בניגוד למותם של משה ואהרן, שעליהם נאמר כי העם בכה והתאבל, במותה של מרים העם לא הספיד אותה כראוי ושכח אותה מיד. על כן נלקחו מהם המים, כדי שיחושו בחסרונה ויבינו למפרע שהבאר כולה נבעה בזכותה [כלי יקר]. חסרונה של מרים הורגש גם בהיעדר השפעתה המרגיעה; אילו הייתה בחיים, חכמתה הייתה מונעת מהעם להתלונן בצורה כה בוטה, או שמשה ואהרן היו מתייעצים עמה כנביאה בכירה ונשמרים מן החטא שאליו נפלו מיד לאחר מכן [רלב"ג].
מתוך הצמא הכבד, מתאר הכתוב: וַיִּקָּהֲלוּ עַל מֹשֶׁה וְעַל אַהֲרֹן. העם, שידע כי הבאר נסתלקה עם מות מרים, קיווה שזכותם המשותפת של שני אחיה הנותרים תספיק כדי להשיב את המים. הם באו בטענות בעיקר כלפי משה, שזכותו הייתה גדולה יותר, ופחות כלפי אהרן, שהיה רודף שלום והעם התבייש לריב עמו [שפתי כהן].
למרות התקהלותם ותלונותיהם הקשות, האל לא העניש את בני ישראל על עצם הדרישה למים. הפרשנים מסבירים כי "אין אדם נתפס על צערו"; מאחר שבאמת לא היו להם מים והצמא היה בלתי נסבל, טענתם הייתה מוצדקת ביסודה [חזקוני, צרור המור]. יתרה מכך, בעוד משה ואהרן יושבים ומתאבלים על אחותם, האל פנה אליהם בתוכחה עדינה ואמר: וכי בגלל שאתם אבלים, עם ישראל צריך למות בצמא? קומו ותנו להם מים [צאינה וראינה]. משה ואהרן נפלו על פניהם, בין אם כדי להתפלל לנס, בין אם כדי להתחנן בפני העם שלא יחטא בדיבורו, ובין אם כדי להיכנס לאוהל מועד ולקבל את דבר האל מתוך יראה [רלב"ג].
אולם, בנקודה זו התגלעה אי-הבנה טראגית. משה כעס על העם, שכן סבר שהם אינם זקוקים באמת למים, משום שהמן היה לחם זך שלא עורר צמא וירד עמו טל. משה ראה בתלונתם מרדנות לשמה, וסבר שאין זה ראוי שהאל יעשה נסים לאנשים רשעים. מתוך כך נבע חטאו בהכאת הסלע. העם דרש מים מהסלע הראשון שראו, ואילו משה הוביל אותם לסלע אחר, מה שעורר ויכוח. אהרן חטא בכך ששתק ולא הזכיר למשה שכוחו של האל נמצא בכל מקום ובכל סלע, ושהאל עושה נסים גם לרשעים כדי לקדש את שמו בעולם [צרור המור].
בסופו של דבר, פסוק זה משמש כנקודת פתיחה לשורשרת אירועים קשה, המסבירה את הסיבה לכך ששלושת המנהיגים הדגולים – מרים, אהרן ומשה – סיימו את חייהם במדבר ולא זכו להיכנס לארץ המובטחת [אבן עזרא, רלב"ג].