נקודת הסיום הטראגית של פרשת הסלע מקפלת בתוכה את משמעות החטא, את העונש ואת רישומו ההיסטורי על העם ומנהיגיו. המילה הֵמָּה באה להדגיש ולהבדיל אירוע זה מאירוע קודם של הוצאת מים מן הצור ברפידים. בעוד שברפידים המריבה הייתה מול משה ונערכה לעיני הזקנים בלבד, כאן התרחשה המריבה כלפי מעלה, מול ה', ולעיני העדה כולה [רמב"ן, טור הארוך, רש"ר הירש]. באופן אירוני, אלו הם המים שחזו אצטגניני פרעה במצרים; הם ראו בכוכבים שמושיען של ישראל עתיד ללקות במים, ובשל כך גזרו להשליך כל בן יילוד ליאור, אך טעו בהבנת החיזיון ולא ידעו שהכוונה למים אלו שיוציא משה מן הסלע [רש"י, תורה תמימה, צאינה וראינה].
הכתוב מציין אֲשֶׁר רָבוּ בְנֵי יִשְׂרָאֵל אֶת ה', אף על פי שטענות העם הופנו תחילה כלפי משה ואהרן, שכן החולק על רבו ומנהיגו הרוחני נחשב כמי שעושה מריבה עם השכינה עצמה [תורה תמימה, העמק דבר]. מעבר לכך, הכאת הסלע במקום דיבור אליו גרמה לכך שהנס לא היה שלם בעיני העם. אילו היה משה מדבר אל הסלע, היה ברור לכל שמדובר בנס אלוהי, אך משום שהכה בו, ניתן פתח לטענה האנושית שמשה השתמש במומחיותו כרועה צאן כדי לחשוף מעיין טבעי חבוי בתוך האבן, ובכך המשיכו להכחיש את הנס ולריב עם ה' גם לאחר יציאת המים [מלבי"ם]. יתרה מזו, יש מהפרשנים המצביעים על כך שהכאת הסלע הפעילה פגם רוחני עמוק של שכחת התורה, והיא השורש למחלוקות ולמריבות העתידיות בעולמם של חכמי ישראל, עד כדי מצבים שבהם חלקו כביכול על דעת המקום [חומת אנך, נחל קדומים, חנוכת התורה]. ויש שדייקו מהמילה רָבוּ שלעם ישראל אכן הייתה הצדקה בסיסית וטבעית לדרוש מים במדבר השומם [אור החיים].
הביטוי וַיִּקָּדֵשׁ בָּם עומד במוקד מחלוקת פרשנית סביב השאלה במי או במה התקדש שמו של ה'. גישה אחת סבורה כי הקידוש נעשה במים עצמם, שכן נס הוצאת המים היה גלוי ועצום [רשב"ם, שד"ל, חזקוני], ובייחוד כאשר בהמשך המסע התברר כי מים אלו היו על-טבעיים לחלוטין ועלו בניגוד לטבע מעלה ההר [ספורנו, הכתב והקבלה]. גישה שנייה קובעת כי הקידוש היה בעם ישראל, שכן הנס נעשה הפעם בפרהסיה לעיני כל העדה [רמב"ן, טור הארוך]. מנגד, יש שדרשו את המילה קידוש מלשון טומאה והפרשה, שעל ידי מריבה זו נטמאו נפשותיהם של ישראל וסרה מהם טהרת הקדושה [הכתב והקבלה].
אולם, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא ששמו של ה' התקדש דרך ענישתם החמורה של משה ואהרן. כאשר ה' עושה דין נוקב ומדוקדק עם צדיקיו וקרוביו, ואינו נושא להם פנים, הוא מעורר יראה ומתקדש בעיני כל הבריות המבינים את עוצמת הצדק האלוהי [רש"י, אבן עזרא, רלב"ג, שפתי כהן, מזרחי, שטיינזלץ, צאינה וראינה]. יש כאן הנהגה של מידה כנגד מידה: משה ואהרן החמיצו את ההזדמנות לקדש את שם ה' באמצעות דיבור אל הסלע, ולכן התקדש שמו על ידי גזר הדין שנגזר עליהם [רבנו בחיי, ביאור יש"ר].
לעונש זה היו השלכות היסטוריות מרחיקות לכת. אילו היה משה מכניס את ישראל לארץ, הכיבוש היה נעשה בדרך נס ללא מלחמה, בית המקדש היה נבנה לנצח, והייתה מתחילה תקופת הגאולה השלמה. אולם, חוסר האמונה שהתגלה במריבה זו הוכיח שהעם אינו בשל למדרגה רוחנית כה גבוהה. לכן נגזר על המנהיגים למות במדבר, כיבוש הארץ הפך לתהליך טבעי ומורכב, ונחלות מסוימות נותרו מחוץ להישג ידם עד לעתיד לבוא [מלבי"ם, חומש קה"ת]. בסופו של דבר, מותם של משה ואהרן במדבר מהווה חותם נצחי לכך שהתורה וההשגחה האלוהית אינן תלויות בבני אדם, גדולים וקדושים ככל שיהיו, אלא עומדות בקדושתן העצמאית [רש"ר הירש].