ברגע דרמטי וגורלי, מתבשרים מנהיגי העם כי לא יזכו להשלים את מפעל חייהם ולהיכנס לארץ המובטחת. הכתוב פותח במילה "וַיֹּאמֶר", שלרוב מציינת אמירה רכה ובשורות טובות, אף שכאן מדובר בגזירה קשה. הסיבה לכך היא בקשתו של משה מפי ה' שיכתוב ויפרסם את חטאו בתורה [אור החיים, משכיל לדוד, תורה תמימה]. פרסום הדברים במילים יַעַן לֹא הֶאֱמַנְתֶּם בִּי נועד ללמד שרק בגלל חטא זה נמנעה כניסתם, כדי שלא יחשבו הדורות הבאים שעוונם היה שווה לעוון חטא המרגלים ודור המדבר [רש"י, שפתי חכמים, צאינה וראינה]. בכך מתגלה גם שאין ה' נושא פנים לאיש, אפילו לא לגדולי נביאיו, ודן אותם בשורת הדין [שפתי כהן].
הפרשנים חלוקים בשאלה מה היה בדיוק אותו חטא חמור שעליו נגזר עונש כה כבד. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים רואה את החטא בכך שהכו את הסלע במקום לדבר אליו. הכתוב מאשים אותם שמנעו את קדושת ה' – לְהַקְדִּישֵׁנִי, שכן אילו היו מדברים אל הסלע והוא היה מוציא מים, היה מתקדש שם שמים לעיני העם. ישראל היו נושאים קל וחומר בעצמם ואומרים: אם סלע שאינו מדבר, אינו שומע ואינו זקוק לפרנסה, מקיים את ציווי בוראו, על אחת כמה וכמה שאנו חייבים בכך [רש"י, שטיינזלץ, צאינה וראינה, מזרחי]. אומנם משה כבר חטא בעבר בסתר כשהטיל ספק (בחטא המתאוננים), ושם הכתוב חס עליו, אך כאן החטא נעשה בפרהסיה ולעיני כל, ולכן ההקפדה עליו הייתה חמורה בשל חילול השם [רש"י, חומש קה"ת].
גישה שונה מצביעה על כך שהחטא היה טמון במילים שאמרו משה ואהרן לעם: "המן הסלע הזה נוציא לכם מים". בכך שאמרו "נוציא" לשון רבים, במקום לומר שה' יוציא את המים, הם גרמו לעם לחשוב שהם מוציאים מים בחכמתם שלהם, ובכך מנעו את קידוש שם ה' [רבנו חננאל, הטור הארוך, חתם סופר].
גישה שלישית מתמקדת בכעסו של משה. הכעס, שבא לידי ביטוי בקריאה "שמעו נא המורים", הוביל לטעות בהבנת הציווי ולחילול השם, שכן העם עלול היה לחשוב שה' הוא שכועס עליהם, בשעה שבאמת ה' רצה רק להיטיב עמם [שד"ל, ביאור יש"ר בשם הרמב"ם]. משה איבד לרגע את הסבלנות כלפי העם, וזהו חוסר האמונה המוזכר בפסוק – שקיעה רגעית של האמונה ביכולת לתקן את העם, והעמדת התסכול האישי לפני השליחות האלוהית [רש"ר הירש].
יש המפרשים את המילה הֶאֱמַנְתֶּם כפועל יוצא, כלומר: לא הבאתם את העם לידי אמונה. תפקידם של המנהיגים היה לנצל את הנס כדי לחזק את אמונתם של המוני העם שרוחם הייתה רפה, אך הם נכשלו בכך [מלבי"ם, ברכת אשר].
אהרן, אף שלא הכה את הסלע ולא כעס, נענש יחד עם משה משום ששתק, התרשל ולא התפלל או העמיד את משה על טעותו כדי למנוע את המעשה [ביאור יש"ר, העמק דבר].
כתוצאה מכך נגזר עליהם: לָכֵן לֹא תָבִיאוּ. המילה לָכֵן מתפרשת כאן כלשון של שבועה. ה' קפץ ונשבע מיד, כדי שמשה ואהרן לא ירבו בתפילה ויבקשו לבטל את הגזירה [רש"י, רבנו בחיי, חזקוני]. העונש טומן בחובו גם מידה כנגד מידה: מכיוון שלא הראו לישראל את כוחו של הדיבור והתפילה, הם לא יוכלו להנהיג אותם אל ארץ ישראל, שבה ההנהגה והקיום תלויים בתפילה [העמק דבר]. בנוסף, משה נותר קבור במדבר יחד עם הדור שהוציא ממצרים, כדי שיוכל לעמוד עמהם ולהביאם לעולם הבא ולתחיית המתים [צאינה וראינה].