תפילת המשורר מבטאת את כמיהתם העמוקה של הגולים לגאולה. האדם, המכיר בכך שחייו קצרים ואולי לא יזכה לראות בנחמת ירושלים, פונה אל ה' החי וקיים לעד בבקשה שיפעל להושיע את עמו [מלבי"ם]. תפילה זו מהדהדת את קריאתם התמידית של השומרים המופקדים על חומות ירושלים, אשר מזכירים לה' ללא הרף לבנות את עירו [תורה תמימה].
במילים אַתָּה תָקוּם, ה' מתואר כמי שקם מכיסאו בשמיים, מתעורר ממקומו ויוצא לפעולה אקטיבית בארץ כדי להילחם באויבי ישראל [אבן עזרא, רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. הבקשה שלאחר מכן, תְּרַחֵם צִיּוֹן, היא קריאה להקים מחדש את העיר החרבה והשוממה ולחמול על שפלותה [רד"ק, מלבי"ם, מאירי].
הפסוק מציג שתי סיבות או זמנים אפשריים שבהם תתרחש הגאולה: כִּי עֵת לְחֶנְנָהּ וכן כִּי בָא מוֹעֵד. הפרשנים עומדים על ההבדל המהותי בין שני המושגים הללו. עֵת מתייחסת לזמן טבעי של רצון וחסד ספונטני, שבו ה' מחליט לחונן את העם אף אם אינם ראויים לכך לחלוטין. לעומת זאת, מוֹעֵד הוא זמן הקץ הקצוב והמיועד מראש, אשר הובטח על ידי הנביאים [מלבי"ם].
הפרשנים מציעים מספר הסברים לשאלה מדוע הגיעה אותה עת של רחמים. יש המסבירים כי ההבטחה האלוהית לגאולה מתממשת דווקא מתוך נקודת השפל, חוסר האונים ואוזלת היד של העם בגלות [רש"י]. אחרים תולים זאת בהתארכותם הרבה של ימי הגלות והייסורים, המצדיקים את התעוררות הרחמים [מאירי, חומת אנך]. מתוך כך, הגאולה מובטחת להגיע באחת משלוש דרכים: בזכות רחמי ה' על סבלותיה של ירושלים, בזכות עת רצון שתקדים את הזמן, ולכל הפחות בהגיע מועד הקץ המוחלט והמובטח [מלבי"ם].
רובד היסטורי ורוחני נוסף מציג את הפסוק כתפילתו של איש ישראל הנמצא בגלות בבל. לפי פירוש זה, המתפלל מבקש מה' שיבנה את בית המקדש השני מאבנים ועפר באופן פיזי ומיידי, בבחינת "עת לחננה", וזאת עוד בטרם יגיע המועד הרחוק של בניין הבית השלישי והרוחני שנועד לאחרית הימים [אלשיך].
באשר למילה לְחֶנְנָהּ, מספר פרשנים מעירים על צורתה הדקדוקית הייחודית, המנוקדת בסגול וללא דגש באותיות הנו"ן [אבן עזרא, רד"ק, מנחת שי, מאירי]. משמעות הפעולה היא הבעת חיבה ורצון. המילה מתארת את מצבם הנפשי של הגולים, אשר מתוך אהבתם העזה לירושלים מתאווים לנשק את אבניה ואת עפרה, ומצפים בכיליון עיניים לקיים את בניינה מחדש [רד"ק].