דניאל שקוע בתפילה עמוקה ומורכבת, המשלבת בתוכה וידוי אישי ולאומי יחד עם תחינה לגאולה. המילה וְעוֹד הפותחת את הפסוק מלמדת כי דניאל נשא דברים ותפילות נוספות שלא נכתבו במפורש בטקסט עצמו [אבן עזרא, מצודת דוד, מלבי"ם].
תפילתו של דניאל נחלקת לשלושה שלבים עיקריים [מלבי"ם]: השלב הראשון הוא מְדַבֵּר וּמִתְפַּלֵּל, המבטא את עצם שפיכת הנפש וההידבקות בה'. השלב השני הוא וּמִתְוַדֶּה, שבו דניאל עורך וידוי על חטאיו האישיים ועל חטאי עם ישראל [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ]. השלב השלישי והמרכזי הוא וּמַפִּיל תְּחִנָּתִי, המהווה את הבקשה הפרטית והממוקדת שלו.
מוקד תחינה זו מופנה עַל הַר קֹדֶשׁ אֱלֹהַי. הפרשנים מסכימים כי משמעות המילה "על" בהקשר זה אינה תפילה הנעשית פיזית על ההר, אלא תפילה הנאמרת בעד ובעבור הר הבית [רש"י, מצודת דוד]. דניאל מתחנן על הר הקודש השומם, ומבקש שה' ישיב את שבותו ויבנה את בית המקדש מחדש [יוסף אבן יחיא, רש"י].