דניאל עומד בתפילה ומבקש רחמים על העיר השוממה והאומה הגולה. מתוך הבנה שלעם אין זכויות להישען עליהן, הוא בונה פנייה מחושבת וענווה, הנשענת לחלוטין על טובו המוחלט של ה׳ ועל קדושתו הניצחית של המקום, ולא על מעשיהם של בני האדם.
פנייתו נפתחת במילים כְּכָל־צִדְקֹתֶךָ. הפרשנים מסכימים כי זוהי בקשה מה׳ לפעול על פי מידת החסד והרחמים שהוא מרבה לעשות בעולם, גם כלפי מי שאינם ראויים לכך. דניאל אינו יכול להיתלות בזכותם של ישראל שטרם נטהרו מחטאיהם, ולכן הוא מבקש שה׳ יעשה עמם חסד כפי שעשה בעבר, מצד הצדקה העליונה שאינה תלויה במעשים [מלבי"ם, יוסף אבן יחיא, אלשיך].
הוא מבקש יָשָׁב־נָא אַפְּךָ וַחֲמָתְךָ, כלומר, שכעסו של ה׳ יירגע ויחזור למצבו הקודם [ביאור שטיינזלץ]. בקשה זו מופנית קודם כל מֵעִירְךָ יְרוּשָׁלִַם הַר־קָדְשֶׁךָ. הבחירה להתפלל על העיר לפני התפילה על העם נובעת מכך שעוונות העם הם שהביאו את החורבן, וקשה לבקש עליהם סליחה ישירה. ירושלים, לעומת זאת, לא חטאה. יתרה מכך, להר ישנה קדושה קדומה מימי אדם, נח ועקדת יצחק, וקדושה זו לא פקעה גם כאשר העיר נחרבה והפכה לשממה [אלשיך].
דניאל מודה כִּי בַחֲטָאֵינוּ וּבַעֲוֹנוֹת אֲבֹתֵינוּ באה הרעה, ומבהיר שהחורבן אינו נובע מקוצר ידו של ה׳ אלא מכעסו על החטאים [מצודת דוד]. עם זאת, ישנה כאן הבחנה שנועדה להקל על אשמתו של הדור הנוכחי: העוונות החמורים והמזידים מיוחסים לדורות הקודמים ("עונות אבותינו"), ואילו לדורו של דניאל מיוחסים רק חטאים קלים יותר [חומת אנך, אלשיך].
בעקבות חטאים אלו, יְרוּשָׁלִַם וְעַמְּךָ לְחֶרְפָּה לְכָל־סְבִיבֹתֵינוּ. העם והעיר הפכו למושא לגידוף, לעג ועלבון בעיני כל השכנים סביב [רש"י, מצודת דוד]. חרפה זו באה לידי ביטוי בכך שישראל נותרו דוגמה לעם נודד ללא ארץ וללא מקום מבטחים [ביאור שטיינזלץ]. מצב משפיל זה גורם לחילול השם בעולם, ודניאל מתחנן שכאשר ה׳ ישיב את אפו, תוסר סוף סוף החרפה מעל העם והעיר [מצודת דוד, מלבי"ם].