עימות חזיתי ודרמטי מתרחש בארמון פרעה, בו ניצבת האמת האלוהית מול אחיזת העיניים האנושית. רגע השלכת המטות אינו רק הפגנת כוח, אלא התנגשות בין שליטתו המוחלטת של הבורא בטבע לבין ניסיונות הכישוף המצריים.
כאשר החרטומים משליכים את מטותיהם, הכתוב מציין וַיִּהְיוּ לְתַנִּינִם. הפרשנים חלוקים בשאלה האם אכן נוצרו כאן תנינים חיים. גישה מרכזית גורסת כי מדובר באחיזת עיניים בלבד. תוספת האות למ"ד במילה לְתַנִּינִם מלמדת שהם רק נדמו לתנינים, אך לא היו כאלה באמת [רבנו בחיי]. החרטומים השתמשו בלהטים ובתחבולות שנועדו לסנוור את עיני הרואים ולהסיח את דעתם מן המציאות [רש"ר הירש, ביאור יש"ר], וכך יצרו צורה ותבנית של תנין, אך ללא רוח חיים ויכולת תנועה, שכן רק ה' מעניק חיים [ספורנו]. דעה ייחודית אף מציעה כי החרטומים עצמם התעטפו בעורות של תנינים כדי לייצר את האשליה [מלבי"ם]. מנגד לניסיונותיהם של המכשפים לכפות את רצונם על הטבע באמצעות לחשים, אהרן ניצב פסיבי לחלוטין וסומך על רצון ה' שיפעל את פעולתו, עובדה המדגישה את עליונות האמונה הישראלית על פני המאגיה המצרית [קאסוטו].
שיאו של המפגש מתרחש כאשר וַיִּבְלַע מַטֵּה אַהֲרֹן אֶת מַטֹּתָם. רובם הגדול של הפרשנים מצביעים על כך שהכתוב בחר במכוון בצירוף המילים מַטֵּה אַהֲרֹן ולא "תנין אהרן". מכאן הם לומדים שהתרחש כאן "נס בתוך נס": התנין של אהרן חזר להיות עץ יבש, ורק לאחר ששב להיות מטה, הוא בלע את מטות החרטומים [רש"י, מזרחי, שפתי חכמים, גור אריה, תורה תמימה, בכור שור, ברטנורא]. הסיבה לכך היא שאילו היה בולע אותם בעודו תנין, הרואים היו פוטרים זאת כטבעו של עולם בו חיות טורפות זו את זו. בליעת המטות על ידי עץ דומם הוכיחה את שליטתו המוחלטת של ה' בטבע [הדר זקנים, חומש קה"ת]. יתרה מכך, נס נוסף התרחש כאשר המטה נותר כשהיה ולא תפח כלל בעקבות הבליעה [הדר זקנים].
מול גישה זו, יש הסבורים כי הבליעה אכן התרחשה בעודו תנין, והוא נקרא מַטֵּה אַהֲרֹן רק על שם עברו או עתידו. לפי פירוש זה, הפלא הגדול התברר כאשר התנין של אהרן שב להיות מטה, ואילו מטות החרטומים נעלמו כליל מבלי להותיר זכר [רלב"ג, יריעות שלמה, פרדס יוסף, אבן עזרא]. הבליעה הייתה כה מוחלטת, עד שאפילו לאחר שפג כוח הכישוף, מטות החרטומים נותרו בלועים בתוך מטה אהרן [העמק דבר].
אירוע זה, בו הדומם בולע את יריביו, נועד להשפיל את גאוות החרטומים ולהוכיח כי חכמתם אינה אלא זיוף [רבנו בחיי, ביאור יש"ר]. התצוגה המדהימה הזו עוררה חרדה עמוקה אצל פרעה, שצפה במתרחש והבין שאם מטה עץ מסוגל לבלוע את מטות החרטומים, ואולי אף את החרטומים עצמם שהסתתרו תחתיהם, הרי שבאותה קלות הוא יוכל לצוות על המטה לבלוע גם אותו ואת כסא מלכותו [הדר זקנים, מלבי"ם].